emacの冷却ファンを交換したら...

ファンが引っかかって回らないのでは。
加工や取り付けの問題だと思います。
そのまま使っていると、モーターが焼き切れてしまいます。　その前に焦げた匂いがし出すかな。(^_^;)

>取り付け前に確認すればよかったのですが
そういうときは、もとにもどって取り付け前の状態にしてチェックしましょう。
DIYをやるだけの技量とチャレンジ精神があるのですから、トラブルの原因の切り分けをやらないとね。
当然テスタとかも持っているのでしょうから、電圧や極性のチェックはしてますよね？

引っかかりなどは確認しましたが、なかったです。

ファンを取り外して単体で確認してください。
Hit-Cさんの言う通り切り分けをしないと、ファンそのものが悪いのか他に原因が有るのかが、現時点では分かりません。

予備で買ったファンを取付け前にテスタにて極性を調べて、結線しましたが同じ
症状がでます。乾電池にて13Vの環境をつくった際は正常に回りました。
DC12V　　0.09Aの仕様です。
emac本体側の問題でしょうか？

>取付け前にテスタにて極性を調べて
交換したほうのファンはパルスセンサ付きのものだと思いますが、eMac純正も3pinでしたか(実物のファン配線を見たわけじゃないので純粋に質問です)？
件のwebページには配線関係は詳しくは書かれてないですが、パルスセンス用の線と動力線を間違って配線していませんか？

emacのファンの配線は3PINです。
黙れemacというページを参考に結線しました。
このページも同型のファンを使用しています。

>黙れemacというページを参考に結線しました。
うーん、写真入りで解説してますから問題ないはずなんでしょうね。
こうなるとファンがついた状態でeMacのファン出力電圧とパルス出力の測定(たぶんオシロが必要)を純正ファンを繋いだ時の出力と比較するしかないでしょう。
出力が同じなのに動作しないとなったら、webでみたeMacとはマザーボードの仕様が変更になっていてお使いのファンが対応していないということになりそうです。
純正に比べて出力電圧が低くなっているならファンの消費電力にマザーボードのファン電源がついていっていないという事になります。
#DIYはある意味こういうトラブルを解決して動くようにするのが楽しみではあるので、持てる知識と技術を総動員して色々試してみてください。
#最悪電源から直に12Vをとってきて配線してしまうという手もありかも(速度コントロールできないけど)。

ファンをフレームにつけた状態、及びフレームをeMacに取り付けた状態でファンを手で回して、引っ掛かりがないことは確認されていますか。
線の色と信号の対応は確認していますか。
多分、赤が＋、青(黒)がGND、黄色が制御信号だと思うのですが、一応確認してください。
eMacの線の色とファンの線の色が同じでも、意味が違う可能性がないとも限りませんので。

とりあえず解決？しました。
調べた所、ロジックボード側からは8.6Vくらいしか来ていなかった為
ファンが回ってくれないようでした。
最終的には、PHS充電用のアダプタを用いて現在回っています。
見た目は少々気になる所ですが、クイックガレージに出すと7〜8万円
修理にかかると言うので、まあ良しと言う事で。