実際のサイズが720×480のQTを書き出したいです！

FCPから書き出しではなく、compressorで書き出してみてはどうでしょうか？
最近はQTの仕様変更がちょろちょろ行われていて、どれがどうなってるのか僕も判りません。
見た目のままなのかアスペクト比で補正したのかが、QTのバージョンで変更が多くて。
>インスペクタを見てみると、
フォーマットは読み込んだ元のQT(720×480 1670万色)と同じなのですが、実際のサイズが新たに書き出した方は、640×480になっていて、データレートも低いです。
本当にデータレートが低いのなら、画質に影響はありそうですね、、。
compressorの方で指定すると予想と違う値にはならないので、FCPやQTからの出力は行わず、そちらばかりを使用しています。
>「シーケンスと映像のプリセットが違います。一緒にしますか？」
読み込んだ素材と新規シーケンスの設定が違う場合に出る警告です。
「もし変更が必要なら」はいを押します、あえて変更しないなら、当然いいえを押す。
なので新規で作ったシーケンスと素材の設定や何をどの様にしたいのかが判らなければ、どっちが正しいのか（最良なのか）は判りません。
あ、H.264が素材？んー、判んないです（笑。自分でやるなら非圧縮のシーケンスを立ち上げて劣化の無い状態で編集して、適宜のサイズで再度H.264に書き出しをするでしょうね。もしくはH.264の素材を事前に非圧縮QTに変換しちゃうとか、）
いずれにしても素材とシーケンスの設定の意味を理解してないと、へんてこな物が出来上がってしまう可能性は高いです。
（明日に備えてこれから寝るので、次にレス出来るとしても起床後となります。それではおやすみなさい。。）

QTのピクセルの方ですが、「ムービーのプロパティを表示」を選択して（⌘Ｊ）
ビデオトラックの行を選択して下のビジュアル設定を確認して下さい。
「標準のサイズ」が「720╳480」になっていれば720╳480ピクセルの情報量を保持しています。
QTPの表示も720にしたければ「調整後の・・・」を調整して下さい。
ここの「標準のサイズ」が640になっていれば、FCPの方で書き出しをミスっています。
データレートの方は・・・ごめんなさい。分からないッス。
元データレートと書き出したデータレートはどれくらいなんでしょうか。

こんにちは。
もう、今更書いても遅かったですね・・・(^^;
データレートが低くなっている、と仰っていますが、最初の素材であるH264の720×480のQTは、どうなっているのでしょうか？また、これをQuickTimeで確認した際は、画質などはどうなっているのでしょうか？
次に、サイズについて、ですが、素材のH.264と、書き出したH.264のPixel Aspectをそれぞれ確認してみてはいかがでしょうか？
また、QuickTime Playerでご覧になる際ですが・・・、
やまたけさんの情報に便乗してしまいますが、「ムービーのプロパティを表示」を選択して（⌘Ｊ） ビデオトラックの行を選択して下のビジュアル設定のところに、「高品質」などのチェック項目がありませんか？もしあれば、チェックを入れてから確認してみるといいかも知れません。

>下のビジュアル設定のところに、「高品質」などのチェック項目がありませんか？もしあれば、チェックを入れてから確認してみるといいかも知れません。
この設定はDV-codecだと効果があるのですが、他の場合は変化がない事が多いです。
でも、そもそもDVでもないのに、H.264が720*480（アスペクトレシオ4:3）である必要はないと思うんですよね。

タカシさん
> この設定はDV-codecだと効果があるのですが、他の場合は変化がない事が多いです。
そうなんですよね。。。ずっとQuickTimeは扱ってきているのですが、他のコーデック(例えばAnnimation)などでは、DVみたいな「画質を敢えて落としたような感じ」にはならないのです。なぜDVだけこうなってしまうのでしょうかね？
> そもそもDVでもないのに、H.264が720*480（アスペクトレシオ4:3）である必要はないと思うんですよね。
これ、私も気になっておりました。この設定になさる目的が判りかねるところではあるのですが・・・。
タカシさんが仰っているように、素材とシーケンスの設定の関係などをどこか間違えていらっしゃるのではないかと思います。

>なぜDVだけこうなってしまうのでしょうかね？
きっと何かしらの、、なんでしょね？（笑）
そのままFCPにはそのまま読み込ませても大丈夫なんですが、Windowsのアプリによってはそのボケたまま読み込んでしまうもののあるので注意しています。
（一度、Mac側で高品質に設定してから読み込ませてます）