どういった作業をしたのかが具体的でないので、どんな形式のデータを元(時には元データとシーケンスの設定が違う事もあるので、そこが影響している可能性もあります)に修正を行っているのか、また調整する際には何で見ながら確認されているのでしょうか。
あとは書き出した形式も影響するかも知れませんね。
>取り込んだ状態のまま使用する場合にはそれほど気にならないのですが、色補正をおこなったカットはとくに、書き出し後の色の違いが出てきてしまいます。
それ程という事はそのまま出力しても何かしらの変化を感じられるのでしょうか?
重箱の隅をつつく様な事を書きますが、「それ程感じない」と「感じない」ではかなり違うと思うのです。
また、修正した箇所はどの様になりますか?必ず同じ様に変化するのか、暗く(明るく)色が濃く(薄く)赤っぽく、、など具体的な事が判らないと予想もつきにくいと思います。
僕は編集時に修正を行いますが(勿論TVモニターに表示した色で確認しながら)、特にDV撮りの素材などはホワイトバランスがオートである事が多く修正は余儀なくされます。
ですが、変化させた部分が出力時に違った色になった?という事は有りませんでしたし。
あと、FCPの様なノンリニア編集ソフトはビデオ編集(ここは、あえて「動画」とは書かない。)を主体に考えているので、PCでの再生用途となるとカラースペースの違いから明るさなどに影響される事は大いに考えられます。
(PhotoshopでもCMYKとRGBでは若干色が違いますよね、それと同じです)