F5などのショートカットが効かない

システム環境設定のキーボードショートカットで、
システムの方で競合している「オーディオ出力」を外すか、
Motionの方でMotion→コマンド→カスタマイズで、F5の割当を変更する・・・と言った方法はいかがでしょう。
Macbookproの話であるなら、システム環境設定→キーボードで「fn」キーを使用するにチェックするのも良いかもしれません。

Motionに限らず、MacOSのキーの割り当てとプロアプリのキーの割り当てが被る事って多いですね。
僕は全部ではないですが、自分が使うものは他の割り当てに変更してしまってます。
最初はメンドクサイですが仕方ないですからね。

やっぱりそうだったのですね。でもなぜそんなキーを割り当てたのでしょうか。最近のアップルらしくないように思います。

どうなんでしょうね。
ファンクションキーで音量調整やiTunesの再生、停止なども割り当てられてしまったので良く判りません。
いちいち気にするのも面倒なんで「かぶったら他に換えれば良いや」と、気軽に考えちゃってます（笑）

とりあえず、現在、Motion 3のお勉強中です。
3DソフトとDirector(without LINGO)の世界には、驚嘆している次第です。
またFinal Cut Pro 2との相互作用もすごい。
FCPでスペースバーで▷というのも、初めて知った時には、目からホタテ貝でした。