チクタクという音がします

レスが付かないようですが。
私に出来る2つのアドバイス。
・詳しい人、専門家に診てもらいましょう。Ashさんお一人のトラブルシューティングは難しいような気がする。
・チッチッチッチッと秒針のような音がする機械を飛行機に持ち込まないように。あなたの隣の座席の人がその音に気付いて恐怖に駆られて乗務員に知らせたら、飛行機は緊急着陸、疑いが晴れるまであなたは拘束されます。

HDの一部が読めずに，何回もアクセスしようとして失敗している状態のような気がします．HDがアクセスしている時に大きな振動や衝撃を与えていませんか？
まず，データ類のバックアップを取りましょう．その上で，OS Xのディスクから起動して，メニュー内にある「ディスクユーティリティ」を使用してHDの修復を試みて下さい．それで直らなければ，一度，HDをフォーマットしてOSの再インストールをしましょう．
もしこれで直った場合でも，一度死にかけたHDは再度不具合が出る可能性がありますので，バックアップはこまめに取って，できれば，新しいHDに入れ替えた方が良いかと思います．

>HDの一部が読めずに，何回もアクセスしようとして失敗している状態のような気がします．
>... HDをフォーマットしてOSの再インストールをしましょう．
もしHDには物理的損傷であれば、単なる初期化（物理フォーマットでない初期化）だけでは、不良BlockをLock out出来ません。物理フォーマットの場合、Gigabyte単位のHDでは、けっこ時間がかかります。
他の故障の可能性も考えて（アップルケーアも加入されたし）、データをバックアップして修理に出した方が無難だと思います。アップルのピックアップアンドデリバリサービスはとても便利ですよ。部品の在庫があれば３〜４日で戻ってきます。

>HDの一部が読めずに，何回もアクセスしようとして失敗している状態のような気がします．
>... HDをフォーマットしてOSの再インストールをしましょう．
もしHDには物理的損傷であれば、通常の初期化（物理フォーマットでない初期化）だけでは、不良セクタをロックアウト出来ません。物理フォーマットの場合、Gigabyte単位のHDでは、かなり時間がかかります。
他の故障の可能性も考えて（アップルケーアも加入されたし）、データをバックアップして修理に出した方が無難だと思います。アップルのピックアップアンドデリバリサービスはとても便利ですよ。部品の在庫があれば３〜４日で戻ってきます。

すっかり諦めてこちらをチェックしていなかったので、お返事が遅れましてすみませんでした。
その間知り合いの某大手ソフト会社のSEに見てもらったのですが、その時は周りがうるさかったせいもあり再現できず「気のせいだろう」ということになりました。
「HDがいかれる時の音はもっとすごいよ」と言われて安心したのですが、今こうやって深夜に仕事をしているとシュコンシュコンうるさいのでまた心配になってきました。
popoumeharunatulalazkimugiさん
アドバイスありがとうございます。
飛行機は怖いので絶対に乗りませんから大丈夫です（笑）
ちゃなさん
やはり死にかけているのでしょうか…
ディスクユーティリティーでもやってみます。
OSの再インストールも良い機会なのでやってみようと思います。
daemonさん
やはり修理が無難そうですね。
一度アップルに電話で相談してみます。
電話で音が伝わる事を祈ります。
とりあえず右も左もわからなかったので、「やはりちょっとおかしい」ということがわかっただけでも良かったです。
当面すべきことも決まりましたし、大変助かりました。
本当にありがとうございました。

やはり「特に問題はないはず」と言われ、修理に持ち込んでもそのまま返ってくる可能性が高いのでお勧めしないとのことでした。
物理フォーマットを勧められたので、教えてもらいながらやりました。
結論ですが、音は相変わらず鳴っています。
アップルの人も「いずれはHDが壊れるかもしれないのでバックアップはこまめに」ということですので、しばらくそれで様子を見るしかないみたいです。
いろいろとお騒がせしました。