起動後の動作が遅い

最初に起動するアプリケーションはどれを選んでも一緒なのでしょうか。特定のではなくて。
最近入れた3rd Partyのユーティリティ等はありませんか？
あったらそれを外してみてください。
或いは、ログイン項目に何か追加していたりしてないでしょうか。
システム環境設定＞アカウント＞ログイン項目　で確認できます。
その辺りが関係なければ、まずはキャッシュのクリアをしてみてください。
MainMenu、OnyXを使うと簡単です。いずれもフリーウェア。
一般的なメンテナンスもやってみてくださいね。
１．起動ディスクからディスクユーティリティでアクセス権の修復（CD起動ではありません）
２．CD起動からディスクユーティリティでディスクを修復
３．10.4.9Comboアップデータを再度当て直す。

確かに、起動直後は遅いですね。
アプリの起動というより、デスクトップが落ち着くまでの時間が違います。
ログアウト→ログインではすぐにデスクトップは落ち着きます。
単にメモリーキャッシュとかそうゆうことだと思っていたのですが、全く差がない人もいるということだと何かあるのでしょうか？

Login Itemsに登録しなければ早く立ち上がります。
# 問題があるAppsが再起動で動くと困る事もありますので、必要以外は登録しないのもありだと思います。
起動後に軽いApps, 重いAppsと立ち上げると良い事も...
# 重いAppsを先に起動するとMemoryを解放しないとか
HDDのfilesystems, OSXのfiles, アクセス権に問題があると、何時までもAppsが起動しない何て事も...　# 強制終了や強制電源遮断で

ありがとうございます。
アドバイスいただいたとおりやってみましたが、改善されませんでした。
ログイン項目には特に何も入っていません。
最初のアプリはどれでも遅いです。
起動後、10分程度待ってから、アプリを立ち上げても、やはり最初だけ遅いです。
ちなみに、別のアカウントを作成して試してみましたが、同じ現象が見られます。

確かに、ログインし直した場合は、通常に立ち上がります。
電源投入時、再起動時にこの現象が見られます。