PRAMクリア+デスクトップの再構築をしないと起動しなくなってしまいました。

正常に起動した時に、DiskFirstAidでHDDを診断しても問題ありませんか？
（場所は、Applications → ユーテリティ → DiskFirstAid）
USBの周辺機器を接続していたら、外しても同様ですか？
（ドライバの更新や、新規にアプリをインストールしましたか？）
機能拡張マネージャーで「MacOSすべて or 基本」の組み合わせにしても同様ですか？
（同上）
内蔵電池は消耗していませんか？
（コンセントを抜いて日付けが狂いませんか？）
なお、システムCD-ROMは必ず探しておきましょう。

DiskFirstAidで診断すると問題はないと出ます。
機能拡張をMacOS基本にすると問題なく起動します。
最近、外付CD-RWのドライブを更新したのですが、それが問題だったのかもしれません。
（ログファイルを見たら、「更新できませんでした」とありました。）
また内蔵電池も消耗しているようです。日付が狂いました。
ランチャーを起動時に開く設定にしているのですが、
エラーのダイアログが出た後、ランチャーからFinderに画面を
切り替えようとするとフリーズします。
システムCDは製品版では代用できませんか？
OSXとOS9は持っているのですが。

機能拡張をMacOS基本にすると正常に起動すると言う事は、機能拡張系のコンフリクトだと思います。
MacOS基本の状態から、機能拡張を順番に組み込んで行って、起動を妨げている機能拡張ファイルを見つけましょう。
「外付けCD-RWを更新した」とのことですが、書き込みソフトをUpdateしたという事でしょうか？
AppleのFirewire/USB/SDAP等のAuthoring Supportとサードパーティの書き込みソフトの機能拡張を同時に組み込むと不具合が出る事があります。
その辺りもチェックしてみて下さい。
（書き込みソフトは何をお使いですか？）
また、コンセントを抜くと日付けが狂うという事ですから、内蔵電池の交換が必要です。
あまり電池が消耗し過ぎると１回で起動出来なくなる機種もあります。
交換の仕方はこちらを参考に。
極私的iMac簡易紹介ページ内、「スロットインiMac開腹」
http://www.linkclub.or.jp/‾norioh/imac/iMacanalyze/imacdvopen.html
システムCD-ROMは、もちろんMacOS 9のCD-ROMで代用出来ます。
（MacOS 9はiMacにプリインストールされていたバージョン以上なら...）
システムをインストールし直す事も出来ますが、しかし、その前に機能拡張を整理してみましょう。

書き込みソフトはB'Recorder Goldを使っています。
バージョンをアップしました。
今日で仕事が一段落するので、明日から復旧作業に入りたいと思います。
ありがとうございました。

ATMが壊れていたようです。
ATMを再インストールしました。
ありがとうございました。