最上面のウィンドウの視認性が悪い

お気持ちは理解できます。しかし、ここで書いてもOS X開発グループへは届かないので、「Mac OS X :フィードバック」に投稿してください。
http://www.apple.co.jp/macosx/feedback/index.html
もっとも、確実に届けるなら米国の同ページに英語で投稿することですが…。
///　野尻隆裕（Tell UsとFeedbackの記録→「拝啓　アップル様」)　///

Apple へのメッセージということなら既に示されているメッセージ通りです。
MacOS9 と Mac OS X ではメジャーバージョンアップで大きく生まれ変わったと考えて、MacOS 由来の UI(ユーザーインタフェース）に捕われない方が良いです。フォーカスされているウィンドウとその他のウィンドウをよく比べてみましょう。気付きましたね、そうです、ウィンドウの左上の水玉ボタンがはっきり表示されているものがフォーカスされているウィンドウであることがわかるはずです。あまり区別がつきませんが、ウィンドウの上部の部分も不透明になっていて一番ハッキリ表示されているのはフォーカスされているウィンドウで、同様に影のつきかたもフォーカスされているウィンドウが一番強調されています。
またこの変更は Mac OS X の特徴である Aqua の仕様だと思いますので、感覚的に受け入れられない場合には、古い MacOS9　を使い続けるしか無いと思います。もちろん、MacOS9 でも CarbonLib が使われているものは同様の UI が使われていると思いますので、CarbonLib が使われていない旧バージョンまたは別のアプリケーションを使い続けるしか無いと思います。
個人的には、慣れてしまえば気にならないレベルだと思いますけど。

＞あまり区別がつきませんが、ウィンドウの上部の部分も不透明になっていて一番ハッキリ表示されているのはフォーカスされているウィンドウで、
ウィンドウが重なっているとタイトルバーの半透明が（見た目）不透明になります(^^;)　デスクトップピクチャに白系のものを貼付けていると余計分かりにくくなるでしょうね。Aquaなデスクトップピクチャのままならほんのり青くなりますが。
また、アプリケーションによっては左上のボタンが不使用で最初から色が付いていない場合もあります。
タイトルバーを単に半透明にするだけでなく、タイトルバーの横線も消してくれるともうちょっと分かりやすいかも。それかウィンドウ自体を半透明にしちゃうとか。もちろん透明度や、タイトルバーだけかウィンドウ全体かの設定がユーザ側で出来る様になっている必要がありますけど。SpyMemo（だったかな？）やWindowShadeXやTerminalの隠し機能でウィンドウ自体を半透明にすることが出来るので、Quartzの機能としてあるんでしょうし。
＞同様に影のつきかたもフォーカスされているウィンドウが一番強調されています。
ウィンドウの種類によってはドロップシャドウに変化が無いこともあります。例えばOmniWebのNetwork Activityウィンドウを表示して最前面に出してもブラウザウィンドウのドロップシャドウの状態は変化しません。
＞個人的には、慣れてしまえば気にならないレベルだと思いますけど。
アクティブになっていると思って文字を打って空振りしたことが何回か・・・(^^;)
＜余談＞
以前WindowShadeXの作者さんのページで配付されているドロップシャドウをOFFにするユーティリティを使ったことがあるのですが、ウィンドウの境目が全然わからなくなりました(^^;)　影が無いだけで無茶苦茶カッコ悪くなりました。＞Aqua
＜／余談＞

＞ウィンドウが重なっているとタイトルバーの半透明が（見た目）不透明になります(^^;)
そういえば、PublicBetaより正式版の方がタイトルバーの透明度が落ちましたね。（より不透明になった）　アクティブで無いウィンドウが複数枚重なった時のタイトル文字列の視認性の悪さをフィードバックしたことがありましたが、同じ様なフィードバックが沢山あり、それが反映された結果かもしれませんね。
だから余計にアクティブとそうでないウィンドウの区別が付きにくくなったのかも(^^;)
あちらを立てればこちらが立たず。

どうもありがとうございます。
最上面のウィンドウの輪郭にだけ、目立つ輪郭線を付けて表示するなどすれば、視認性が向上するだろうと考えました。（ただし、この案では、見苦しくなるかもしれませんが）　WindowShade-X の作者へこのアイデアを送ってみようかな．．。
また、少し関係の無い話題かもしれませんが、サーバ接続用のログインウィンドウが、最上面に表示されずに、あるウィンドウの下面に表示されることがあります。例えば、Dock の中から選択していって、あるサーバへの接続を選んだ時、それまでに開いているウィンドウの下面に、サーバ接続用のログインウィンドウが隠れて表示されることがあります。さらに、この状態では、Dock の状態が freeze 状態となります。これらも、すでに、米国の Apple へ情報を送っておりますが、ユーザは今後も辛抱強く Apple へフィードバックを送るべきなのかもしれませんね。
Macintosh で、ユーザの頭を混乱させる課題のうち、昔から最も有名な課題といわれているものが、最上面のウィンドウの認識性と最上面のアプリケーションソフトの認識性が、ユーザへ明瞭に伝わりにくいという課題です。　Dock 内の表示において、最上面のアプリケーションソフトにも、派手に目立つ印の表示を付けるようにする提案を、Apple へさらにフィードバックしてみようかなとも考えているところです。

＞最上面のウィンドウの輪郭にだけ、目立つ輪郭線を付けて表示するなどすれば、視認性が向上するだろうと考えました。
Windows環境ではこうしています。最前面のウィンドウには赤い枠線入れてます。
アクティブなウィンドウのタイトルバーは黒でタイトル文字は黄色。
アクティブで無いウィンドウのタイトルバーは暗灰色でタイトル文字は白。
目立たず見にくくなく。
＞WindowShade-X の作者へこのアイデアを送ってみようかな．．。
WindowShadeとは役割が違うので、実装するとしても別のユーティリティになるのかな？
あと、MacOSのKaleidoScopeの様な物も出て来てますから、こちらに期待すると言うのもありですね。
desktopper dot net
＞Dock 内の表示において、最上面のアプリケーションソフトにも、派手に目立つ印の表示を付けるようにする提案を、Apple へさらにフィードバックしてみようかなとも考えているところです。
私の場合、MacOSの頃は右上のプロセスメニューでアクティブアプリケーションの判別をしていたので、ASMを使っているMacOSXでもあんまり違和感はありません。
あと、Dockに登録している起動していないアプリケーションと起動中のアプリケーションが区別しにくく、cmd+tabでのアプリケーションの切り替えが非常にしづらい状態でしたが、Keyboard Maestroを使い出してからは快適になりました。
それと、ASMでアプリケーション毎にDockの表示／非表示を切り替えているので、Dock自体にアプリケーションの管理機能を求めなくなりました。LoadInDockとかNetStatInDockとかMemoryMonitorとかでシステム稼働状態の表示とか、エイリアスをまとめたフォルダを入れてランチャにしたり。

言われてみるとそうかも。まああんまり Aqua に思い入れはないのでどうでもいいです（弱い
Netscape を使いながら書いてたので、Netscape の場合はそんな感じで一応見分けは付くと言う感じですね。
個人的には NeXT みたくアクティブなウィンドウはタイトルバーが黒くなるほうが好みだったり。:)
# X Window での常用 WindowManager はもちろん WindowMaker です :)