現在の仕様のままでのcmd+tabの有用性に付いては私も疑問を持っています。無効にする方法は分かりませんが、意味を見い出せるかもしれない情報をば。
先日ここで“Keyboard Maestro”というユーティリティを紹介していただき使用しています。これは切り換え対象アプリケーション*だけ*を並べたウィンドウを表示し、なおかつ使用順に並べ変えてくれるため直前のアプリケーションにcmd+tab一発で切り換え可能になります。以前からAppleにフィードバックしている内容をほぼカバーしてくれています。ちょっともたつくのが難点ですが、いずれ解決されるでしょう。
http://www.keyboardmaestro.com/
あと、ウィンドウ入れ換えのショートカットがMacOSXの標準として“cmd+チルダ”に決まってしまったのも疑問です。JISキーボードでは両手でcmd+shift+^を押さなくてはいけません。何も考えず(USキーボードの事だけしか考えず)適当に決めたとしか思えない仕様です。ウィンドウ入れ換え機能をcmd+1に割り当てていたOmniWebも標準ショートカットに従ってしまった為、非常に使いにくくなってしまいました。同じくcmd+1に割り当てているiCabもいずれこうなってしまうかも知れないと思うと悲しい限りです。(こちらもフィードバック済みです)
役に立たない、使いにくくなり使われない標準など、邪魔なだけです。>Appleさん