エンコードの設定

明示的に指定するのでなく(できない)、使う文字に注意するのでしょう。
Drafts(下書き?)に入れてView->Show->Raw Source(command-option-u)でヘッダを表示させれば、送信前にチェック可能です。# 面倒ですけど...。
日本語で書いているのに、というのであれば、むしろ、
Content-Type: text/plain; charset=ISO-2022-JP;
に注意した方が良いように思いますし、ことえりを使っていれば(他は知りませんので)、候補ウィンドウの記号に注意するのでしょう。

エンコード形式を明示的に選択したいのですが、AppleScriptを使っても方法はないのでしょうか？
Content-Type: text/plain; format=flowed; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: base64
ではなく
Content-Type: text/plain; format=flowed; charset=UTF-8
Content-Transfer-Encoding: quoted-printable
この設定のメールを送りたいのです。
使っている文字の範囲でContent-Type: が変わるのは
今のところ問題を起こしていないのですが、
一緒にContent-Transfer-Encoding: が変わってしまうところで
大いに困っています。
どこかで設定できたらいいのですが。
例えば
送信時にルールをかけて、そこでContent-Type: text/plain; format=flowed; charset=UTF-8の時は
Content-Transfer-Encoding: quoted-printableに変更する手が使えたらベストなのですが。

charsetがutf-8のときはbase64のほうが一般的な気はします。
欧米ではutf-8+quoted-printableなことも多いのかな？

>charsetがutf-8のときはbase64のほうが一般的な気はします。
そうなんですか。ではMailの仕様はいいようなものなのですが。
MS Outlook Express 6 WindowsやMS Entourage Mac
＃共にMS製かぁ(^^ゞ
ではbase64だと文字化けして読めないらしいのですよ。
utf-8+quoted-printableだと読めるらしいのですが、
Mailから送る手だてがなくて…
＃quoted-printableは日本語を処理すると
＃8bit部分はデータサイズが３倍になるので、
＃データが肥大化してしまうのですよね。
http://homepage1.nifty.com/glass/tom_neko/web/web_03.html
私はMS製のソフトはほとんど使わないので、そちらの設定方法などは
分からず、Mailで何とかできないかと試行錯誤中だったのでした。
難しいですね…