システム環境設定が反映されない

システム環境設定の一部が反映されません・・・。
いま分かっている問題は、
・マウスのスピードを調節するとその時は反映されるが、
　再起動するとデフォルトのスピードに戻ってしまう。
　（ログアウトしてからログインし直すと設定したスピードのまま）
・一般のところで、アンチエイリアスをかけないフォントサイズが
　変更できない。
　（これは全く反映されない・・・）
まだあるかもしれないが、とりあえず見つけたのはこれだけです。
いつからおかしくなったのかは、ハッキリとは分かりませんが、
最近、Safariをインストールしたので、それも何か関係あるのでしょうか？