USBメモリに差分バックアップするのに良いフリーソフトはないでしょうか

逆に気になった点がいくつかございます。
Sync!Sync!Sync!もSilverKeeperも良くできたツールだと思います。
それが両方共にコピー出来ていないというのは、逆に使い方の方に
問題は無いか今一度ご確認されては如何でしょう。例えば。。。
# USBメモリーをバックアップ専用に使うという前提で
1)DOSフォーマットからHFS+に変えてみる
2)アクセス権の無いファイルをコピー（sync）しようとしては
　いないか確認。もしくはアクセス権がおかしくなって無いか。
3)管理者権限のついたユーザーで使っているか。権限内のファイル
　のコピー(sync）であるか
> 無料のソフトウェアで、USBメモリへの差分バックアップが確実
> に動くものはないでしょうか。
ここがちと引っかかったのですが、あくまで私感ですが、Free
ウェア/シェアウェアを使うにはこういうお考えではちとどうか
と。不具合があればそれをできる限り詳細に作者に報告し、修正
をして頂く。さすればまたそのツールはより良いものになって
より多くの方々に使われる。一緒に育てて行く、という感覚が
必要かと思います。
SilverKeeperに関しては放置バージョンでしょうからこれで
よければお使い下さいという事で、合わなければ諦めるしか
ないでせう。
# では市販ソフトがバグもなにもなく完全かというとそうでも
# ありません。環境使われ方によって開発時には予期しないエラー
# が出たりするものです。しかもFree/シェアウエアと違いすぐに
# 訂正版が出たりという事は望めません。
## 本題のお勧めですが、個人的にはこれしかない、というモノが
## シェアウェアですがございます。が、作者のご意向により現在は
## 残念ながらお教えする事が出来ません。。。m(__)m
期待する機能・動作は個人個人で違います。下記あたりでご自分に
あったモノをさがされる方が結局ははやそうな。。。
http://adv.ktplan.jp/macx/

んな理屈はいいから、とにかくFreeで確実にバックアップがとれる
ように、という事なら、これはもうご自分でAppleScript等で書かれる
方が早いかと。差分バックアップというから難しいのであって、
確実にこれとこれとこれのフォルダをバックアップというだけなら
1)USBメモリーをフォーマット
2)これとこれとこれとこれをUSBメモリーにコピー
だけで済むかと。確実ですし。これをワンクリックで動作するよう
するだけです。

usadii3さん、投稿ありがとうございます。
いや、おっしゃる通りですね。
フリーウェアを使用する心構えを、最近の安楽なMac生活ですっかり忘れていたようです。
もう少し自分でトライ&エラーをして、環境との因果関係をある程度把握したら、作者にフィードバックしようと思います。
そうそう、大事なことを書き忘れてました。
当該のUSBメモリは、WindowsPCのデータバックアップにも共用しているため、HFS+にすることはできないのです。
それが原因かもしれません。
ではでは

tarを使ってUSBメモリにコピーするシェルスクリプトを書き、.commandファイルにして実行権を付与しました。
Finderから.commandファイルをダブルクリックするとターミナルが起動し、シェルスクリプトを実行して全コピーしてくれます。
これが一番確実かな、と…。

FAT ということなら必要ないと思いますが、psync を使ってHFS+ でリソースフォークも含めた差分バックアップができますね。