昨年度分のメールを保存したいのですが。。。

慣れるまでちょっと手間の掛かる方法ですが・・・
まず、データの実体についてですが、
Mailアプリのウインドウに表示されるメールボックスの階層は、「ユーザ/ライブラリ/Mail/Mailboxes/」内のデータと、一対一に対応しています。この中の「*.mbox」がメールのデータの実体（圧縮データ）です。バックアップを取りたいデータを個別にコピーすることが可能です。データを復元するには、「Mailboxes」フォルダの任意の場所に入れて、Mailアプリを起動（再起動）してあげれば、認識されます。
次に、データの実体の操作（メールボックス単位の操作）についてですが、
「Mailboxes」フォルダの中で新規にフォルダを作ると、Mailアプリのウインドウに反映されるので、「年度単位でバックアップし」たいものだけ一つのフォルダにまとめておく、ということができます。たとえば、「Mailboxes」フォルダのすぐ下に「旧年度」などというフォルダをつくっておくと、そのフォルダは、Mailアプリのウインドウでは「受信」フォルダとは別に扱われます。実際僕はそうしているのですが、フォルダだけ作成すれば、データの操作は、メール単位でもフォルダ単位（メールボックス単位）でも、Mailアプリのウインドウ上でドラッグアンドドロップできますから、とても便利です。
「保存したメールボックスの中身を参照」についてですが、
以上のことを利用すると、「.Mac」のBackupアプリなどでバックアップしたものから、必要なメールボックスだけ取り出すこともできます。
なお、操作されるときは、必ず、事前に「Mailboxes」フォルダ全体のバックアップを取られることをおすすめします。

メールボックスのウィンドウを開いて、バックアップを取りたいフォルダをデスクトップに落とすだけでもとりあえずよいかもしれません。
生成したファイルはMailで開きます。
やってみると非常に簡単で1から3まで条件は満たしていると思います。
バックアップ後、Mailから削除したい場合は、バックアップが取れていることを確認して削除でよいと思います。

はるさん、すいかの種さん、コメントありがとうございます。
.mboxファイルをFinder上で移動させればOKでしたか。
以前、あるメールソフトを使っていた時は初期設定ファイルからのパスワード読み出しが関わっていたらしく、mboxだけを別に保存していて必要な時だけ戻して閲覧しようとしてもうまくいかない時がありました。
現在はMail内で複数アカウントを設けていますので、テストしてみることにします。
ところで、/Libraries/Mail/Mailboxesを開いてみると、入れ子式になっていないMailboxなのに
name　　　　（アイコンがフォルダ）
name.mbox　（アイコンがアメリカ風の郵便箱）
と並んでいるものがあります。
（nameは仕分け用に個々のmailboxに付けた特定の名前の文字列）
フォルダアイコンのファイルをダブルクリックしても中に何も入っていないのですが、これはなんでしょう？これも保存しておく必要があるのでしょうか？

＞フォルダアイコンのファイルをダブルクリックしても中に何も入っていないのですが、これはなんでしょう？
　推測ですが、
　Mail.app 上で「任意のメールボックス」に「下位のフォルダ」を作成すると、Finder 上では「任意のメールボックス」と同じ名前のフォルダが作成され、その中に「下位フォルダ」のデータが保存されるようです。
　実験してみると、Mail.app 上で「下位のフォルダ」を削除しても、Finder 上のフォルダはそのまま残るようです。
　この推測が「（下手な表現ですが）いわゆる必要十分条件」だとすると、「下位のフォルダ」の中身が空なら削除してかまわない、ということになると思います。
　しかし、フォルダだけですからディスクを消費することもないし、（根拠はありませんが）何かの時に自動で削除されるものかもしれませんので、そのまま放っておいていいのではないでしょうか。
（もっとも、僕は、この機会に削除してしまいました...(^_^;) ）

補足です。
別に保存した「.mboxファイル」を見るには、とくに元のフォルダに戻す必要はありません。ダブルクリックで開いたり、Mail.appから取り込んだりもできます。