「command not found」って言われます

文字通り、それらのコマンドが消されてしまったのではないでしょうか。本来、ls、rm は /bin にあります。cd や pwd も同じ /bin にあります。なので、/bin が全部消えているわけでもなさそうです。ls が使えないのは大変不便ですが、echo でもうまく使えば代わりになります。echo /bin/* とすれば、ls /bin と実質的には同じ結果が得られます。
元に戻すにはどうするか、ですが、何が消えているか分からないので、一番確実なのは再インストールでしょう。
こんなことをしてくれるのは友人とは言えないです。

はにさんへ
シェルが変更されてしまったということはないんでしょうか。
私のは、tcshになってますけど。

> シェルが変更されてしまった
のなら、command not found の前に bash とか付かないはずですですが。
tcsh になっていたところで、ls は使えます。ls の使えないシェルってあるかな、、

＞はにさん
アドバイスありがとうございました。そんな深刻な状態だったのですね。
再インストール？（PantherのDiskを入れてもう一回、MacOSXをインストール）はやってみたんですが、状況が変化しませんでした。「再インストール」ってのは、もう買ったときのゼロの状態にしろってことなんでしょうか。
問い詰めたところ、「UNIXベースのソフトを動かそうと思ってX11の設定で.bash_profileの設定をしようとしなかったらうまくいかなくて止めた」なんてメールが来ました。うまく追記できなかったとかPATHが何とか…。これで状況が分かると良いのですが。
＞abcdefgさん
すこしネットで調べてみました。Terminalの上に「- bash -」って出ているので、tcshというものでは無いと思います。

＞「UNIXベースのソフトを動かそうと思ってX11の設定で.bash_profileの設定をしようとしなかったら
＞うまくいかなくて止めた」
それならば、.bash_profileのパスの設定がおかしくなっているだけなので
削除もしくはリネームしてウインドウを開き直せばそれでなおるのではないかと思います。
.bash_profileなんて内容を書き換えたこともないというのであれば削除してしまえばいいかと。
cd
rm .bash_profile
以上。

PATH が変わっているという可能性はあるかもしれません。
echo $PATH
とするとどう出ますか？
OSX のままなら、/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin:/usr/X11R6/bin と出る（と思います）。自分のも変わっているかもしれませんが。
PATH が変わっているだけなら、/bin/ls としてやれば、ls と同じ出力が出るはずです。どうなんでしょう？
初期化再インストール以外で戻すのなら、pacifist を使って、OSX 10.3 cdrom から、BSD subsystem あたりを取り出してインストールしてみるとか。

.bash_profile あるいは .bashrc で，コマンドパス (path) の設定が不適切にされているのでは? echo $PATH としてみてください．どう出ますか?
cd はシェルの内在コマンドですが，pwd は ls や rm と同じように /bin にある外部コマンドなので，pwd はできるというのはちょっと変ですね．
ところで，遊ばれてしまったのはいまお使いのユーザーアカウントですか? それともシングルユーザーですか? いずれにしてもけしからんお友達ですね．

> rm .bash_profile
トピ主さんの場合、rm も使えない、ということなので、/bin/rm ですね。（PATH が変わっているだけなら）

＞はにさん、HALさん
cd
/bin/rm .bash_profile　でうまくいきました。
＞hrsさん
私はシングルユーザーです。echo $PATH　とすると
/bin:/sbin:/usr/bin:/usr/sbin　と出ていました。
＞アドバイスを下さったみなさん
なんとか元に戻ったようです。本当にありがとうございました。
今回を教訓に他人に不用意にPCを貸すのは止めようと思います。

＞今回を教訓に他人に不用意にPCを貸すのは止めようと思います。
それか、新しく友人専用のアカウントを作ってあげるか　ですね (^^)
# もちろん、管理者権限はあたえずに。