大量のファイルをデスクトップに誤って移動後の処置

やってしまった直後なら編集＞移動の取り消しで戻せたんでしょうけど、、、
ファインダー上に大量の書類があるので処理に時間がかかってしまうのでしょうね。きっと、、、
ファインダー上でやらないで、ファインダーウィンドウをカラム表示にして移動したい書類を一気に選択してから新規フォルダへ移動すると一度に行えませんか？
どちらにしても暫く時間はかかると思いますが。
または、ファインダー上の全ての書類を選択して、新規フォルダに移してからファインダー上に必要な物だけ戻すとか。

他のパソコンからリモートログインして処理したらどうでしょう。これが使えるためには、システム環境設定 > 共有 でリモートログインにチェックが入っている必要があります。また、問題は、当該ユーザのデスクトップが立ち上がるときのものですから、自動ログインもオフにしておきます。こうしておいてから、他のパソコン(OSX でなくても、OS9 機や Windows 機でもいいです。ただ、この場合には、それぞれのプラットフォーム上で動く ssh ソフトが必要です。OS9 なら、nifty telnet、windows なら TeraTerm + ttssh とか、putty など。いずれもフリーソフトです)から、
ssh ip_of_mondai_no_osx_machine
としてやってユーザ名とパスワードを入れてやればログインできます。そして、
cd Desktop
としてやれば、デスクトップのフォルダーになります。
ここで、ls としてやれば、問題の大量のファイルが表示されると思います。ls |less としてやれば、表示は画面ごとに止まります。
ここで、
mkdir mokuteki_directory
として、mokuteki_directory を作ってやって、
mv mokuteki_file mokuteki_directory
としてやれば mokuteki_file を mokuteki_directory に移すことができます。これを何百回とやって問題解決してもいいのですけど、ちょっと大変なので、少し工夫します。問題のたくさんあるファイルは名前に一定の規則はありませんでしょうか。例えば、kyotsu という共通部分があって、後は違う名前や番号になっているとか。Windows ばりに、ドットの後ろは拡張子で同じになっているとか。もしそうなら、
mv kyotsu* mokuteki_directory
としてやれば（違う部分がファイル名の前なら、*kyotsu とする)、この操作だけで、全てのファイルを一気に mokuteki_directory に移してしまうことができます。ファインダーの常識からは考えられない速さで終了します（多分ほとんど一瞬で完了です）。

　kucingさん、はにさん、早速のご返事ありがとうございました。デスクトップ上での作業は現状では何をやっても動作は不可能なため、やはりリモートアクセスによる作業かなあと思います（幸いにしてFinder上の作業でなければ動作は可能なため、環境設定は変更できるので）。移動させたファイルは運悪く、まったく規則性がなく、ターミナルモードでの手作業をやらざるおえないのでしょう。昨夜は朝方４時近くまで作業し、本日、別場所のため問題のマックに戻ってからトライしてみます。

> ファイルは運悪く、まったく規則性がなく、ターミナルモードでの手作業をやらざるおえない
それは大変ですね。
でも、ターミナルのコマンド入力はキーボードで上向き矢印を押すと直前の入力がそのまま出ますから、これの一部を変更してリターンを押して実行、ということで多少効率を上げることはできます。
がんばって下さい。
でも待てよ。
それなら、
cd Desktop
としたあとで、
mkdir mokuteki_dir
mv * mokuteki_dir
とすれば、ちょっとエラーが出ますけど（このエラーは無視できます）、デスクトップ上のファイルは全部 mokuteki_dir に移りますよ。それで、入ってはいけないものを元に戻す方が速いかも。
デスクトップ上のハードディスクなどのアイコンはファイルではありませんので、これらには影響ありませんので御安心を。

シングルユーザモードで起動すれば、とりあえずコマンドラインでの作業は可能です。ただ、日本語が使えないので、日本語のファイル名だとやっかいです。
やはり、はにさんのアドバイスのように、いったんデスクトップの全てのファイルを
% mv 〜/Desktop/* temp
のようにして移動してしまってから、再起動して作業するのが良いかと思います。
ただ、mvコマンドではリソースの移動はできません。リソースまで移動するには、Developerツールに入っているMvMacコマンドが必要ですが、今インストールされていないなら、リソースはあきらめるしか無いでしょうか。

＞何百というファイルがデスクトップ上の同じ場所に山のように重なり合う時間が１０分程度続きます．
その後は、普通にFinderが扱えるのでしょうか？
であれば、ウインドウでホームを表示すれば、そこにデスクトップというフォルダがあるので
リネームしてログアウト＆ログインすれば結果的にデスクトップは空になり
リネームしたフォルダにファイルが移動するかと思うのですが、駄目でしょうか？
10.4で試してみたらFinderからデスクトップのリネームはできませんでしたが
確か、10.3ではできたように思います。それが駄目でもターミナルからDesktopをリネーム
でもいいかと思います。ターミナルでやるならば
mv Desktop Desktop_backup
ですね。移動を考えるより、リネームさせた方がやりやすいように思います。

はにさん、kawabeさん、HALさん、親身にご返答いただき感謝いたします。本日午後、職場に出向き、問題の処理を行いました。昨日、あまり関係はないのでしょうがTechToolProを走らせたまま帰宅しておりました。半ばあきらめつつも念のために多量に重なったファイル群（3000ファイルほどありました）を指定して、デスクトップ上に別途作成したフォルダへ移動させたところ、かなり時間がかかったものの、何とか移動することができました。これもたまたまだったのでしょうけど、お教えいただいた作業をせずに済ませられました。せっかくのご教示を実施せずに申し訳ありませんでしたが、いずれにせよ面倒な作業をせずにすんでほっとしてました。ご報告まで。