かな入力で"，"を入力すると"，<"と入力される．

ほんとですね。ことえり環境設定で、
　入力方法の設定：「かな入力」
　かつ
　句読点の設定：「．と，」
とすると、ご指摘の通りになってしまいます（うちの環境は OS 10.3.3）。
さらにこの設定で、Shift + テンキーで「．」「．」と全角入力すると、「．.」「．.」となります。
まとめると、「全角のカンマ、ピリオドを打ち込むと、全角カンマ、ピリオド + そのキーの半角文字が続けて出てしまう」のですね。ローマ字入力ではこの問題が出ないことも確認しました。
これ、バグじゃないですかね。
私が思いついた対策：
1. 問題の異常な出力を出した後、余計な部分を手動で削除する。
2. 句読点の設定を「．と，」ではなく「。と、」にして、全角の「．と，」の入力はあきらめる。
3. 句読点の設定を「。と、」にして、その句読点を変換して「．」「，」を得る。
いずれも消極的な解法ですけど (^^;)
あとは、Mac OS Xフィードバック に報告しましょう。かな入力は利用者が少ないので、まだフィードバックが寄せられず、Apple 側でこの問題に気付いていないのかもしれません。
OS 10.2 の頃、かな入力についての改善提案を1つフィードバックしたら、10.3 できっちり直してくれましたよ。
「Apple は少数派を切り捨てない」と感じ、とても感激しました。

私のところでは特に再現されません。
「かな入力」「．と，」にしても普通にカンマもピリオドも入力できます。
ただ、「句読点で変換する」をONにすると、カンマ・ピリオドを単独で打つときのみ
"，<"や"．>"になります。普通に文章の中に打つ分には問題ありません。
「かな入力」全般で起こるバグではなく、特定の設定のときのみに起こるバグなのかもしれません。
フィードバックするのであれば、ちゃんと条件を詰めてからフィードバックするのがいいように思います。

試してみたらHALさんと同じ条件でした
句読点で変換する、ところへ句読点だけ打ち込んでいるのが起因なんでしょうかね
ローマ字入力時やかな入力時でも。、ならきちんと処理出来るが
かな入力時にカンマやピリオドだと処理し損なう、と

HALさん、ご指摘ありがとうございます。
確かめたところ、こちらの環境でも
「句読点で変換する」：ON
「カンマ・ピリオドを単独で打つ」
以上の条件のときに、この症状が発生します。
さらに確認してみたら、既出の条件の他に、「句読点の設定」が
「。と，」のときは「，」のみ異常
「．と、」のときは「．」のみ異常
となりました。これらも
「句読点で変換する」：ON
「カンマ・ピリオドを単独で打つ」
のときだけ異常が発生しています。
「Windows 風のキー操作」は ON でも OFF でも症状に変わりはないようです。

ご提案の通り、句読点の設定を「、」と「。」にして使用したいと思います。
また、Mac OS Xフィードバック にも報告します。
ありがとうございました。