Mac OSのデスクトップの再構築のような方法

デスクトップファイルの再構築はシステム環境設定→Classic→詳細
設定タブにあります。
Mac OS Xアプリケーションとファイルの関連づけを初期化したいとき
はHome/Library/Preferences/com.apple.LaunchServises.plistを削
除するといいですよ（Pantherの場合。それ以前はLSApplications、LSClaimedTypes、LSSchemesというファイルでした）。

プリバインディングもデスクトップの再構築のように言われていますね。
やり方は，ターミナルで

あと，トラブルの原因になりますので，ソフトのインストール中やディスクの修復中にはプリバインディングをしないで下さい。

prebinding中にアプリケーションを起動したりするのもやめた方がいいですね。ついでに言えば、prebindingは自動化されているので手動でやるのはほとんど意味がなかったりもします。（アプリ起動時に必要であれば自動で行われます。＞fix_prebinding）

有料ものや無償のもので結構あると思います
たぶん有名なものはCOCKTILというものだと思います
http://www.softonic.com/ie/26435