ハードリンクの作り方はどうしたら良いのでしょうか？

terminalにman lnと書いてreturnを押せばmanualが出ます。:-)

Alarm Clock.dmgの中にあるApplecationsは、ターミナルで見るとサイズ0のファイルなので、エイリアスだと思います。エイリアスはHSF+のFile IDを使用しますが、/ApplicationsはどのOSXでも同じFile IDになってるんじゃないでしょうか？
ハードリンクは、i-nodeの名前が別でもファイル実体は同じなので、コピーすると実体がコピーされてしまい、お求めの機能にはなりません。シンボリックリンクは、単に元のファイルのパス名だけが入っているファイルなので、ご希望の機能にはなるでしょう。

>エイリアスだと違うMacや他のアカウントなどにコピーするとリンクが切れてしまうので、
興味があったのでやってみたのですが、
「アプリケーション」フォルダのエイリアス(普通にcmd-opt-ドラッグしただけ)をUSBメモリに入れて別のMac(システムボリューム名もユーザ名も異なる)に持っていったところ、問題なく認識しました。OSも10.4と10.3で異なります。逆方向も同様に可能でした。
というわけで、わざわざシンボリックリンクを作る必要はないのではないかと思います。
#既にコメントがあるようにハードリンクとシンボリックリンクは別物です。シンボリックリンク作成はターミナルで ln -s コマンドを使う必要があります。
>いろいろ検索してみたのですがヒントも見つかりませんでした、
どこをどう検索したのかわかりませんが、SafariのGoogleバーで「シンボリックリンク　作成」を検索すると先頭に出てきますよ。ここ(Apple Support Discussions)でも同じキーワードで検索するといくつか情報が出てきますし。

みなさま早々のお返事ありがとうございます。
ご説明で自分の希望がハードリンクでないことも理解できました。
実は例が良くなかった事が判明しました。Y. Kawabe さんの
仰るとおりApplicationsをそのように作ったら何の問題もなく出来ました。
しかし実際作りたいのはユーザライブラリにあるPreferenceで
http://amb.sakura.ne.jp/hanyou/img-box/img20061030100634.png
オリジナルのパスが/Users/hoge/Library/Prteferences/
なので違うアカウントだと上記のパスと異なるのでアイコンも白紙に
リンクも切れてしまいました。man lsも見てるのですが…。
ln -s /Users/hoge/Library/Prteferences/ を
共有できる ‾/Library/Prteferences/ みたいなのにい出来れば
良い気がしてるのですが。
シンボリックリンク作成は検索できてますが、実際やりたい事が
うまく理解できない状態です。

パスやFile ID（正確にはCNID）が異なるものはリンクで参照することは不可能です。各自のホームフォルダの指定場所へコピーしたいなら、専用のインストーラを作成する必要があるでしょう。

Y. Kawabe 様の仰っている「専用のインストーラ」例えばこんな感じです...
「VISE X for Mac OS X」
インストールの時に「パスワードを求める」とか、システムの部分に関わるディレクトリにもインストールできます。
他にありそうですが私はこれしかしりません、既に知っていましたらスルーで...

不可能なんですか納得です。大変勉強になりました。
お答えいただいてるVISEや他にもインストーラは手元にあるので考えてみます。皆さま、ありがとうございました。

AppleScriptで解決できました。ありがとうございました。