Finder は QuickTime を使って swf の再生をしています。そのため Flash プレイヤーではなく、QuickTime の機能によって swf の再生が制限を受ける場合があります。
QuickTime7 のいずれかのアップデートからだったと思いますが、セキュリティ上の安全性を確保するため、デフォルトでは swf の再生を許可しなくなりました。システム環境設定の [QuickTime]->[詳細] に「Flash を使用」というチェックボックスがあります。(おそらくチェックがはずれているので)チェックを入れてから OS を再起動してください(Finder を再起動すれば良いはずですが、そのほうがメンドーだと思うので、、)。
また、QuickTime の再生できる swf は version 4 までだったと思います、それより新しいものは再生できません(より新しい Flash で制作された swf でも、新しい機能を使わず、かつ v.4 以下の形式でパブリッシュされたものは再生できます)。
おそらく VJ 関連のソフトも、Finder 同様 QuickTime に依存してるのじゃないでしょうか。
> ファイル本体はブラウザでは確認ができますし、壊れているわけでもないのです。
> ちなみにFlashプレーヤーをインストールしなおしてもだめでした(FlashPlayerの各バージョン全て確認済)
FlashPlayer という場合、Web ブラウザが使用するプラグイン形式のものと、スタンドアロンで動作するのアプリケーション形式のものがあります。話の流れから推測して、プラグインのほうだと判断しました。そのため Finder の動作には関係のない対策を行っているだけになっています。
もしスタンドアロン版のほうでも、再生できないという状況だとしたら、何か別の問題(OS に深刻な障害を抱えているなど)が発生している可能性があります。