Finder右上のスポットライトの窓が消えました。

メニューバー＞「表示」＞「ツールバーのカスタマイズ...」で登録し直してください。

新しくユーザ・アカウントをお作りになってお試し下さい。問題なければHomeを作り替えれば直りますが、駄目ならOSX 10.4.9 Comboを再度installして直る場合があります。Comboに壊れたfileが含まれていれば...
それでも駄目ならTigerをclean installしかありません。
あと、考えられる事は3rd partyのOSXに機能を追加するplug-ins, utilityが問題を起こしているかも知れませんので外して様子を観察して下さい。:-)
ディスク、アクセス権の修復は定期的に行って下さい。

消えたのは検索窓だけですか？ツールバー全体（「進む／戻る」や表示切り替えのボタンなど）が消えてるとか？もしそうなら、ウィンドウの右上の楕円形のボタンを押してみてください。
検索窓だけなら、迷探偵コナンさんのアドバイス通りです。

デスクトップのメニューバー?
参考　 "Spotlightのアイコンが消えてしまいました.", 2005/07/05 12:23pm

アドバイスありがとうございます。迷探偵コナンさんのアドバイスを試しましたが、回復しませんでした。また新たに判明したことは、ウィンドウ右上の虫眼鏡をクリックすると、ウィンドウが消えてしまいます。根本的に何かシステムの不具合でもあるのでしょうか。

ウインドウ上の検索窓のこと？それともデスクトップの右上？
ウインドウ上ならカスタマイズでテキストのみに成っていませんか？
その場合は検索の文字をクリックすればウインドウ自体が検索ウインドウに成ります

デスクトップ右上ではなく、ウィンドウの右上です。設定はアイコンとテキストです。
ウィンドウ右側の虫眼鏡をクリックするとウィンドウが消えてしまいます。

新しくユーザ・アカウントをお作りになって試したら?
問題なければHomeを作り替えれば直りますし、駄目ならOSX 10.4.8 Comboを再度installして直る場合もあります。# Comboに壊れたfileが含まれているなら
それでも直らないならTigerをclean installされるしかないと思います。
# Homeを作り直すのはKeyword "mv /Users/usersname /Users/usersname.old"で検索されれば沢山書き込んでいますので見つかるでしょう。:-)
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Terminalでcom.apple.finder.plistを取り替える方法もあります。
sudo cp -f /System/Library/User\ Template/Japanese.lproj/Library/Preferences/com.apple.finder.plist /Users/username/Library/Preferences/
sudo chown username:username /Users/username/Library/Preferences/com.apple.finder.plist
killall Finder
3つを実行して下さい。何カ所かのusernameはHome名に変更して下さい。TextEditにこのtextをpasteして修正してから行うと簡単です。なおpasswordが必要です。１行ずつTerminalのwindowにpasteしてreturnで動きます。

> デスクトップ右上ではなく、ウィンドウの右上です。
として、最初の質問は「スポットライトの検索窓が消えた」とあって、迷探偵コナンさんのアドバイスで回復しない（＝検索窓が現れない？）のに、
> ウィンドウ右側の虫眼鏡をクリックするとウィンドウが消えてしまいます。
その虫眼鏡とは？　ウインドウのツールバーに検索窓はないのに虫眼鏡だけが存在するというのは考えにくいのですが。

ウィンドウの右上には検索文字が入力出るはずが、虫眼鏡のアイコンがあります。（検索文字の入力窓がありません）設定がアイコンとテキストになっており、虫眼鏡のアイコンの下には「検索」と表示されており、虫眼鏡のアイコンをクリックすると開いていたウィンドウが消えてしまいます。

Finderの初期設定ファイルをゴミ箱へ移動後、Macを再起動してみたらどうでしょう。
/Users/ユーザ名/Library/Preferences/com.apple.finder.plist
ぴっぴさんが書かれている新規アカウントを作成後、ログインして確認されましたか。
Home以下の問題か、システムの問題かの切り分けが出来ます。

> 検索文字の入力窓がありません
どうしてそのようなことが起きたのかはわかりませんが、まずツールバーのカスタマイズで虫眼鏡を一度ツールバーから外して設定を閉じた後、再度開いて検索窓を追加してみてください。
それでも改善しない場合は
$HOME/Library/Preferences/com.apple.finder.plist
をデスクトップに待避した後にFinderを再起動（optionキーを押しながらDockのFinderを長押ししたら「再度開く」というメニューが出てくるのでそれを選択）したらFinderの設定が初期状態になりますがそれで改善しないでしょうか？

皆様、いろいろアドバイスありがとうございます。新規アカウントを作成後、新規アカウントでログインしたところ、ウィンドウ右上の検索入力が可能となりました。
ところで旧アカウントの設定等は、どのようにしたらよろしいのですか。

> 旧アカウントの設定等は、どのようにしたらよろしいのですか。
ですのでHomeを作り直すのは検索して下さい。...と書いたのです。keywordも書いてありますので簡単に見つかる筈です。:-)
"Safari が起動しない(予期しない理由で終了する)" #1, 2006/05/27 1:59am
"ログインできない！！" #6, 2006/12/22 12:22am
"文字が打てません" #1, 2007/01/14 3:25pm
"複数ユーザーのうち、一人だけが接続出来ない" #6, 2006/05/28 3:46am
Homeを作り替えればスムーズに動くようになります。

旧アカウントにて回復いたしました。
助かりました。ありがとうございます。