ルールの設定で

ルールで選択したメールに対してカラーを付けたいのなら・・・
Mail.app＞環境設定＞ルール＞編集＞以下の動作を実行：
の欄で、「メッセージのカラーを設定」で出来ます。
特定のフォルダに振り分けた上でカラーを付けたいなら、「以下の動作を実行：」欄の右端にある+ボタンを押せばアクションを増やせるので、そこで設定できます。

>Mail.app＞環境設定＞ルール＞編集＞以下の動作を実行：
の欄で、「メッセージのカラーを設定」で出来ます。
この場合そのフォルダの中のメールすべて同じ色になってしまいますので、それぞれの個別に色を設定出来ないかと思っているのですが

そうでしたか。
試してみました。
「Aというメールボックスに移す」ルールと「特定のメールに色を付ける」ルールを作成し、
「特定のメールに色を付ける」ルールをルールの一覧画面上位にしておくと、
Aというメールボックスに移って、特定のメールのみに色がつきます。

>特定のメールに色を付ける」ルールを作成
特定のの項目が無くメールに色を付けるしか無いようです
>「特定のメールに色を付ける」ルールをルールの一覧画面上位にしておく
これはやつ手は見ましたが次にルールを開いた時メールボックスに移すが最上段にきます。

＞特定のの項目が無くメールに色を付けるしか無いようです
おっしゃっている意味がよく分かりません。
何をしたいのか、明確にしてもらった方が良いかも知れません。
私の理解としては、例えば
「特定の件名」のメールをメールボックスに移動して、さらに「特定の差出人」のメールだけに色を付けたい
ということをされたいのだと思ってました。
出来ればどういう条件で振り分けたいのかも、具体的に書いてください。
＞これはやつ手は見ましたが次にルールを開いた時メールボックスに移すが最上段にきます。
普通ならそんなことにはなりません。ルールが勝手に順位を変えているなら、何かがおかしくなっています。
試しにルール一覧画面で、ルールをドラッグドロップで順番を入れ替えて、環境設定を閉じて、再度環境設定を開いてみてください。
もし順位が変わっていたら、Mail.appの修復をする必要があります。

> 特定の項目が無くメールに色を付けるしか無いようです
rengisedさんが言われているのは、
例えば、hogehoge@mac.com からのメールに色を付けたい場合は、
下記の「カラーを付けるルール」を別に新規作成して下さい。
1）「ルールを追加」をクリック
2）以下の条件で一致した場合：
　From　hogehoge@mac.com　を含む
　 以下の動作を実行：
　メッセージのカラーを設定　バックグラウンドを　色を選択
3）「OK」を押す
> 次にルールを開いた時メールボックスに移すが最上段にきます。
Mailメニュー＞環境設定＞ルール を選択した時に表示される画面で、
「カラーを付けるルール」を、「移動させる別のルール」の上側（上位）に
ドラッグ＆ドロップして下さい。
上側にあるルールが優先して動作します。
つまり、同じメールボックスにあるメールに、別の色を付けたい場合は、
別々（複数）のルールを作成して動作させて下さい。
一つのルールで複数の色を付ける事は出来ません。

>「カラーを付けるルール」を、「移動させる別のルール」の上側（上位）に
ドラッグ＆ドロップして下さい。
:このドラッグ＆ドロップは全く自分のMacでは出来ない操作の様です
やはりMail.appの修復をする必要の必要が有るでしょうか

> ドラッグ＆ドロップは全く自分のMacでは出来ない操作の様です
これは出来ませんので+-で工夫して下さい。現在の設定を一番上の+をclickして同じ設定にしてから不要な設定を-で処理します。
出来上がったルールとお間違えになっているのかも。こちらでしたらdrag & dropでお好きな場所に変更出来ます。:-)

n7x@gさん
１．環境設定＞ルール＞編集 で現れる画面の、「以下の動作を実行」の項目は上下に移動は出来ません。
２．上下に移動できるのは、環境設定＞ルール で表示されるルールです。
この２が出来ないのでしょうか？
#あんまりルール、ルールと言っているので、おかしくなってきました。

追記なりますが、Apple Storeで訪ねてみたところ、
カラーを設定したいフォルダの中のメールを個別でカラーを設定する場合はそれぞれルールを割り当ててカラーを設定すればよいとの回答でした。
しかし家では出来ませんでした。やっぱりソフトが痛いのでしようか