メールが消失します

> ライブラリを見ると、mailアプリで見られるメールと同じだけのメールが残っているという状態です。
Mail.appを終了させた状態で、下をバックアップした後、下記リンクを参考にされたらどうですか。
/Users/ユーザ名/Library/Preferences/com.apple.mail.plist
/Users/ユーザ名/Library/Mail
「メッセージが見つからない、または“メッセージがダウンロードされていません”という警告が、Mail を開くときに表示される」
http://docs.info.apple.com/jarticle.html?artnum=303803-ja

早速のコメント有り難うございます。
記事を参照して試してみましたが、確認出来るメールは同じですね。
やはり、フォルダに残っているメールと確認出来るメールは同じで、それ以外の部分にアーカイブとして残っていたりはしないのでしょうかね。

Mailフォルダ内に「削除されたアカウント」はありませんか。
Mail.appを終了させた状態で、下をデスクトップへコピーし、移動させたMailフォルダ及びその中のMailboxesを、ファイルメニュー＞メールボックスを読み込む をしてみたらどうですか。
/Users/ユーザ名/Library/Mail
それでも以前のメールがなければ、原因は分かりませんが削除されています。
その場合バックアップをしていなければ、復元は諦めた方が良いです。

試してみましたが、やはり以前のメールは見つかりませんでした。
どうも有り難うございました。