別名保存するとウィンドウの端っこに行く

＞OS9のときは、開いているウィンドウの見えるエリア内にふつうに現れていました。
私の場合はOS9でもたまにありました。（なぜでしょうね。）
＞そのたびにクリクリと何度もスクロールして、拾いに行かなければなりません。
根本的な解決ではありませんが、表示メニュー＞整頓　で現れませんか？
ちなみに私の環境では、illustrator（CS3）で別名保存してもウインドウ内に表示されます。

＞根本的な解決ではありませんが、表示メニュー＞整頓　で現れませんか？
それだと、自分なりに整理してある並びもバラバラになっちゃうので、キビしいですね。
CS3では大丈夫なのですね。
私の場合はCSですが、それが原因とも思えないですし、
かといって、何か思い当たるものがあるわけでもないし・・・
大問題ではないですが、すごく大きなストレスになるんですよね。
この前まではこんなことなかったはずなんですが。

新しいユーザ・アカウントでは?

Leopard, Tiger の両環境で Illustrator CS と Photoshop CS を使っていますが、どちらの環境でも質問内容のような状況は起きないですよ。
OnyX を使ってメンテナンスを行ってみるとか、どうでしょう（Tiger なら Apple Jack という方法もありますが）
または Terminal から .DS_Store を削除してみるとか。
sudo find / -name ".DS_Store" -delete
↑をタイプしてリターン、パスワードを入力（表示されないが）。
完了したら再起動。
# フォルダ内のアイコン位置には .DS_Store は関係ないのでしたっけ？

時間切れにつき、追加させてください。
＞根本的な解決ではありませんが、表示メニュー＞整頓　で現れませんか？
それだと、自分なりに整理してある並びもバラバラになっちゃうので、キビしいですね。
.DS_Store を削除すると、デフォルトの並びに戻ってしまうので、手動で整理されている場合は再度並び替える必要があります。
↑ 最初に書いとけって
それと、下のぴっぴさんのアドバイスも試してみるべきだと思います

>クリクリと何度もスクロールして、拾いに行かなければなりません。
解決策ではないですが、リスト表示にしておくのは？
ある程度のファイル数になるフォルダは、全部、リスト表示にしてます。
日付が今日のほぼ現在時刻になるの、すぐ発見できます。

アイコン表示で、ひとつのフォルダにたくさんファイルが入ってて、「グリッドに沿う」とかにせず、ウインドウの右下まできっちりファイルが並んでいると、私のところでも右上端にいっちゃいますが。。こういう仕様でしょうか。

私もリスト表示に一票です。
なれると、こちらの方が分かりやすいと思います。
変更日、要領、等が分かるので・・・

みなさま、書き込みありがとうございます。遅くなってすみません。
他のページは大丈夫なのに、どうもDiscussionsだけ開かないことがよくあるんですよね。
リスト・カラム表示も併用していますが、アイコン表示がやりやすいケースがありまして。
昭仁さま
＞ウインドウの右下まできっちりファイルが並んでいると、私のところでも右上端にいっちゃいますが
ちょっと違います。表示されてるアキスペースは十分あるのに、
フォルダ内の見えていない所（しかも、かなり遠く）に行ってしまいます。
Hide@さま
＞.DS_Store を削除すると、デフォルトの並びに戻ってしまうので、
＞手動で整理されている場合は再度並び替える必要があります。
全部のフォルダがデフォルトになったら、つらいですね。
とりあえず、ぴっぴさんの新しいユーザ・アカウントの方法を試してみます。

>フォルダ内の見えていない所（しかも、かなり遠く）に行ってしまいます。
別のマックから持ってきたフォルダ（ディスプレイ解像度の違うもの、例えば、デスクトップからノートへ、その逆）で良く起きたような記憶があります。
そのようなケースなら、新しくフォルダを作ると直るかも。

あと...　as IconはMac OSの流れを色濃く残しています。View > Clean Upで整理可能ですがas ListとColumnsは使えません。この辺りに秘密があるのかも...
# 当方はas Columnsにしてwindow 1つでcopy/move, Terminalのpathなど便利に使っています。clickで奥に行けるしSafariと同じ様に使えるので好きです。

返事、遅くなりすみません。
新しいアカウントでも結果は特に変わりませんでした。
abcdefgさま
フォルダの新しい・古いはあまり関係ないようです。
もはや、打つ手なし・・・
それより、SupportDiscussionsを開くのに異常なほど時間がかかるのがストレスです。