ネットワーク設定はほかのアプリケーションによって変更されました

>Appleも検証、並びに解決策（たとえそれが、再インストールしか無いとう事であっても） を示してもらいたいものだと思います。
何か共通要因（きっかけ）が分からないと、不可能ですよ。
自社製品だけでも大変なのに他社ソフトが絡む可能性があればなおさらですしね。
ここにトラブル報告されている方だけでも、何か共通しそうな要因（セキュリティアップデート前）を挙げてみるというのは？
セキュリティアップデートのバグの可能性以外にも、
セキュリティアップデート前の操作が、セキィリティアップデートのポリシーに違反していたとか、
HALさん提案のアクセス権の関係とか。
みなさん、別ユーザでも同じメッセージが出ますか？

> OSというものは，それ単体で使われる事は、まず無いものなので、Appleも検証、並びに解決策（たとえそれが、再インストールしか無いとう事であっても）を示してもらいたいものだと思います。
それには無理がありますね…。
Appleとしては、クリーンな環境で問題ないのだから、Appleの責任ではない、何か他のものの影響なら、そちらを直すべき（例えば、他のアプリケーションをインストールしているのが原因なら、そのアプリケーションがOSのアップデータで問題を生じないように改良されるべき）ということになるでしょうね。
Win XPのsp2なんて、各社、プレインストールのドライバー関係等が転けまくってましたけど、それを検証して解決策を提供したのはMicrosoftではなく、OEMでWinを載せている各メーカーとか、デバイスを作ってドライバーを提供しているメーカーとかですから。

この問題が起こっているのは，location をシステム環境設定で使っている場合のような感じがしています（報告例から判断する限り。違っていたら容赦なくご指摘ください）。
それで
http://discussions.apple.com/thread.jspa?messageID=8131982#8131982
にあるような手順（ぴっぴさんご指摘の手順と同様）で当該ファイルを作り直すと直ったという例が報告されています（やる場合はバックアップを忘れずに）。

> この問題が起こっているのは，location をシステム環境設定で使っている場合のような感じがしています
PB G4 15" FW800 1.25GHzで、Tiger、"場所"も４つほど登録して、職場と自宅、AirMacと内蔵Etherを切り替えて使ってます。もちろん、"自動"の名前も変えています。
＃ネットワーク環境ってなってますけど、これのことですよね。確か、昔（Jaguarまで？）は場所だったけど、Tigerではネットワーク環境ってなってますよね。
で、10.4.11でSecurity Update 2008-006もあててますけど、ここで話題になっているような症状は出ていませんね。

貴重な情報有り難うございました。
ということは「犯人」は別にいるということになりますが，特定できない限り，OS自体のアップデートもないことですから（セキュリティアップデートのマイナーアップデートも），現象が出ている方は対処療法で凌ぐ他ないということになりますね（当分・多分）。

>＃ネットワーク環境ってなってますけど、これのことですよね。
> 確か、昔（Jaguarまで？）は場所だったけど、Tigerではネットワーク環境ってなってますよね。
MacOSX 10.3; Panther、も「場所」を採用しています。わたしはこのバージョンを気に入って「ファミリーパック買い」し中古マックにも投入しました。その当時はGPS付きiBookやPowerBookで設定した圏内に入ると切り替えされるようになるのかなと期待していました。
アップルにはユーザフレンドリーなトラブルシューティングアシストをぜひ充実していってほしいです。蓄積されたナレッジベースからシャーロックのように難問を解決していくのはAppleにしかできない芸当だと思いたい。

TigerをインストールしたばっかりのMac mini（PPC）があったので、試してみました。（Mac OS X 10.4.0を10.4.11に上げて、Xcode 2.5、iLife '06とiWorks '06をインストール、他のアップデータは当てていたが、Security Update 2008-006のみ当てていない状態。ネットワーク環境はAirMacと内蔵Ether用に２つ登録してある。）
Security Update 2008-006を当てても、特に問題は出ませんね。
今気付いたんですけど、ネットワーク環境の鍵、閉じても（再起動等をかけなければ閉じたままだが）、再起動等すると、開いた状態に戻ってますね。

> MacOSX 10.3; Panther、も「場所」を採用しています。
そうでしたか。では、Pantherまで場所で、Tigerからネットワーク環境ですね。失礼しました。

> ネットワーク環境の鍵、閉じても（再起動等をかけなければ閉じたままだが）、再起動等すると、開いた状態に戻ってますね。
System Preferences > Security
Require password to unlock each secure system preference
チェックされてますか?
Homeを消去して起動すると綺麗なHomeが作られますが、Security, Network, QuickTimeの設定は保持されます。Date & Time, Accountsの一部も...

書き込めませんでしたので追加です。
International > FormatsのRegionは...
.GlobalPreferences.plistに書き込まれるので，Japan (Japanese)なら問題ないが、Japan (English)だとSetup Assistantsで設定したU.S. (English)に...
# /System/Library/User Templete/English.lprojの.GlobalPreferences.plist
一寸、トピックから脱線しましたが、豆知識として...

> Require password to unlock each secure system preference
こんなもんがあったんですね。ノーチェックでした。
＃システム環境設定にロックをかけようとは思ってないので、見てなかった。
＃ちなみに、キーチェーンも好きではないので、一切使ってなかったりする。やっぱり、一つ一つ、その都度、それ用のパスワードを打たなきゃ気持ち悪いと…。（苦笑）

> キーチェーンも好きではないので...
当方はバッチリかけています。
sudo visudoのDefaults:ALL tty_ticketsも...
# 自動改札で1人が切符を入れ通る時に，別の人が通り抜ける (Passwordでも)

http://www.cve.mitre.org/cgi-bin/cvename.cgi?name=CVE-2008-2312
とそれを修正する
http://support.apple.com/kb/HT3137
の System Configuration のところが，今回の（一部）現象の引き金になっているようだと一人納得モード。
（追記：１５時４５分）以下のページも参考。
http://discussions.apple.com/thread.jspa?messageID=8110609

私も同じ症状がでました。
http://okwave.jp/qa4354043.html
を参考に、ユーザーホルダーの中ではない方の
ライブラリー/Preferences/SystemConfiguration
のフォルダの中の
preferences.plist
NetworkInterfaces.plist
com.apple.airport.preferences.plist
をゴミ箱に入れて（消去は正常に作動確認後に）再起動
再設定でもとにもどりました。
iMac(Intel Core Duo)20インチ　Mac OSX10.4.11

OKWave の参考URLがこのトピックになっていますね。＾＾
先日も Mac で問題が起こったら，まずアップルのディスカッションボードを見ろとどこかで書いてあったのでうれしかったです。