ネットワーク設定はほかのアプリケーションによって変更されました

Security Update 2008-007 (Intel) を当ててみましたが、症状は改善されないようです。やはり手動により修正するしかないみたいです。

大変参考になる方法を紹介していただきありがとうございます。
しかし残念ながら、私の環境では症状が改善されませんでした。
う〜ん。依然として直接の解決策が見いだせていません。

追記です。
ネットワークを接続解除してからplistを編集した方がいいみたいですね。ネットワークに接続したまま編集したので、失敗したのかもしれません。
気を取り直してもう一度AuthPasswordをすべて削除してみたところ、「ネットワーク接続はほかのアプリケーションによって変更されました。」というメッセージは表示されなくなりました。
しかし、ネットワークのPPPoEオプションで「必要なときに自動的に接続」をチェックしていても、「通信装置によって接続が解除されました。設定を確認して、もう一度やり直してください。」と出ます。以前は素直に接続できていたのですが…
手動で「インターネット接続.app」からであれば、特に支障なく接続できます。
時々挙動をつかみかねる動きがあり、キーチェーンも絡んでいるような気がします。勘違いだったら申し訳ないです。

SystemConfiguration/のfileを壊していますので...　一旦、出鱈目なNetwork設定を行って再起動...　その設定を削除して改めてNetwork設定を行って下さい。
Keychain First Aidを行って下さい。不要な設定は削除すること。
ディスク、アクセス権の修復も忘れずに...

> 一旦、出鱈目なNetwork設定を行って再起動...
SystemConfiguration/のfileを消去して再起動後に、Network設定を行うほうが良いと思います。

ぴっぴ様
なるほど！いい方法ですね。早速試してみたい…ところなのですが、実は別のアプローチから解決してしまいました。
せっかくアドバイスいただいたのに申し訳ないです。
私の解決方法：
外部HDDにほぼクリーンインストール状態の同バージョンのOSXがありました。このOSXには「Security Update 2008-005」が適用されており、「Security Update 2008-006」は適用されていませんでした。そこで、ソフトウェア・アップデートから「Security Update 2008-007」を当てた後にSystemConfigurationディレクトリをそっくりコピーしまして、中身のplistを不具合のある内蔵HDD側のOSXに上書きコピーしました。
荒療治ですが、この方法で完治いたしました。ですので、原因がほぼSystemConfigurationディレクトリ内のplistだけにある可能性が、皆さんのおっしゃる通りかなり高いと思います。
できれば「Security Update 2008-007」適用前後のplistの差分をとって解析した結果をこちらで公開したいと思っていたのですが、手順を間違えてしまい残念ながら差分をとれませんでした。ごめんなさい。
ちなみに、タイムスタンプから「Security Update 2008-007」適用前後で変化のあったSystemConfigurationディレクトリ内のplistは、
NetworkInterfaces.plist
com.apple.airport.preferences.plist
のようで、システム環境設定を開いてネットワークの項目を変更した後に初めてpreferences.plistが変更されました。
今回のトラブルにキーチェーンは直接関係ないかもしれません。

Security Update 2007-006を当てた後なので...
/Library/Preferences/com.apple.security.plist
これが何らかの問題を抱えていて、躓く原因になったのではないかと思うのですが...　当方のOSX環境は余りにもクリーンすぎて確認する事が出来ないのです。:-)
# SystemConfiguration/のfileは下記アクセス権か確認して下さい。
-rw-r--r-- root admin
おそらくCopyで問題ないと思うのですが念のために...

なるほど、確かにそうかもしれません。が、残念ながら私も今となっては検証ができません。タイムスタンプで見る限り、com.apple.security.plistが最終更新されたのはSecurity Update 2007-005のときのようです。
アクセス権の方はディスクユーティリティから修復したので問題ないと思います。「ls -la」で確認してみたところpreferences.plistはご記載のとおり「-rw-r--r-- root admin」でした。

> いずれを適用した時もcom.apple.security.plistに変化はないようでした。
問題が起きたOSXでSecurity Updateをかける前のOSXがないと確認出来ないと思います。それを外してUpdateすれば躓く原因だったかが分かります。
Updateで変更があると関係するplistがトラブルを起こす事があります。新しく生成すれば直ってしまいますが...
# Property List EditorでDumpを取りpcxapp2で比較したら面白いかも知れませんが面倒です。原因だったかが分かるだけで十分です。

蛇足ですが、トラブル前後のpreferences.plistのAuthPassword値のClassは、トラブル時にString型、トラブル解消時にData型になっていました。
それと、上に「com.apple.security.plistが最終更新されたのはSecurity Update 2007-005のときのようです。」と書いてしまいましたが、よく確認してみたところ、最終更新はもっと前でした。というか、ソフトウェア・アップデートのインストール日付から推測するに、初回のアップデートより更新日時が前だったので、OSのインストール時から変更されていないかもしれません。
原因究明のヒントになればと思います♪

> AuthPassword値のClassは、トラブル時にString型、トラブル解消時にData型になっていました。
なるほど。読めない分けですね。
# Security Updateを当てる前に/SystemConfiguration/のfileは作り直したほうが良いと思います。特に前のOSXから移行している場合は...　一度作り直せば問題は起こらないのではないかと思います。

問題のあるPPPの設定はやはり一度全部破棄して最初から作り直した方がよさそうですね。
(4) システム環境設定のネットワークでPPPの問題を抱えているネットワークポート設定の内容を確認する。その後，そのポート設定を「削除...」した後，「新規...」で作成し直す。
という風にしてみたらどうでしょうか？
ちなみに私自身はPPPを使う環境がもう無くなってしまっているので検証することができません。その所為で不完全な方法を提示してしまってすみませんでした。
> AuthPassword値のClassは、トラブル時にString型、トラブル解消時にData型になっていました。
なるほど未定義ではなくて構造が異なっているのですね。いずれにせよネットワーク環境設定プログラムが古い設定ファイルを解釈できなくなってしまっているということなのでしょう。

今回トラブルになったユーザにお聞きしたいのが接続方法です。
DHCPなのか、PPPoEならルーターの有無です。

kkk様、ぴっぴ様、いろいろアドバイスありがとうございます。
あまり褒められた環境ではないですが、ＢフレッツのマンションタイプなのでVDSLのみのルーターなし直づけです。
PPPoEはMac側で設定しており、グローバルIPアドレスです。
出先でAirMacを使ってDHCP接続することもあり、その設定が残っていますが、今回症状を確認したのは内蔵EthernetでPPPoEのときです。もしかするとE-mobileの設定も残っているかと思います。
私も、同症状の方からもっと情報が寄せられるのに期待してます♪

先日からこの現象が発生してネットワーク設定に鍵を掛けてしのいでいたのですが、Security Update 2008-007 (PowerPC) 出たので適用してみましたが、現象は変化しませんでした、しかたが無いのでこちらのトピックの内容を参考に preferences.plist のバックアップを取ってから、エディタで PPP 項目の AuthPassword と属する data を削除して書き戻す事で復旧しました。