ウィンドウの位置が記憶されません

こんにちは。
まずはディスクユーティリティで、アクセス権の修復を試してみてはどうでしょうか？

具体的にアプリ名を上げた方が、検証してもらえると思いますが。
Safriにかんしては過去のトピに出ていますが、最後に閉じたウインドウではなくて、最後に開いたウインドウを記憶しているようです。
実際使いにくいですね。

回答ありがとうございます。
アクセス権の修復をしてみました。
結論としては、残念ながら動作は変わりませんでした。
以下、行った作業の手順です。
ひとつのハードディスクを２つのパーティションに分け、それぞれ起動ディスクとデータ用のディスクとして使用しています。
Users フォルダはデータ用ディスクに置き、シンボリックリンクを張っています。
1) データ用ディスクに対して、アクセス権の検証を実行 → いくらかのエラー報告
2) 起動ディスクに対して、アクセス権の検証を実行 → 大量のエラー報告
3) Mac OS X インストールディスクより起動
4) 起動ディスクに対して、アクセス権の修復を実行
5) 起動ディスクより起動
6) 起動ディスクに対して、アクセス権の検証を実行 → ログを添付しました
7) データ用ディスクに対して、アクセス権の修復を実行
8) データ用ディスクに対して、アクセス権の検証を実行
9) 各アプリケーションの動作検証
もう少し、状況を追加説明しておきます。
　・ウインドウ位置を覚えてくれないアプリケーションは、アップル純正ではターミナル、純正以外では パッケージ版 CarbonEmacs
　・その他のアプリケーションについては、（すべてを試したわけではありませんが、）覚えているよう
　・別ユーザーでログインしても同様の現象（ただし、ウインドウの位置は異なる）
確かに、アクセス権に絡んでいるような気がします。
パーミッション関係を中心に私のほうでも調べてみます。
引き続き、気づくところがありましたら、ご指摘いただけると助かります。
以下、アクセス権修復後に行った起動ディスクの検証ログです。
参考になりますでしょうか...
どうぞ、よろしくお願いします。
○起動ディスク検証ログ
“PBG4 HD A”のアクセス権を検証中
適切なファイルアクセス権を確認中。
ファイルまたはディレクトリ ./Library/Widgets では特殊なアクセス権が使われています。新しいアクセス権は 16877 です
“./Library/Widgets”上のアクセス権が一致しません。本来 drwxr-xr-x であるはずですが、実際には drwxrwxr-x になっています
ファイルまたはディレクトリ ./usr/lib/php/build/acinclude.m4 では特殊なアクセス権が使われています。新しいアクセス権は 33060 です
“./usr/lib/php/build/acinclude.m4”上のアクセス権が一致しません。本来 -r--r--r-- であるはずですが、実際には -r-xr-xr-x になっています
選択されたボリュームのアクセス権が検証または修復されました。
アクセス権の検証が完了しました

以下のリンクは参考になりませんか。
"ウインドウ情報が継承されません", 2005/09/10 1:36am

チップトップ様、はに様、アドバイスありがとうございます。
記憶しないアプリは、ターミナルとパッケージ版 CarbonEmacs です。
他にあるかどうかはわかりません。
.DS_Store は削除可能なものをすべて削除してみましたが、ダメでした。
例えば、ターミナルは終了時のウインドウの位置情報をどこに保存するのでしょうか？

CarbonEmacsはわかりませんが、ターミナルはその性格上ウィンドウ位置を覚えない仕様なんじゃないでしょうか。
ウィンドウ位置を覚えるには、
1) 各ウィンドウが書類(ファイル)に関連付けられている
2) そのソフトでは同種のウィンドウは一つしか開かない
3) 次回起動時に開いている全てのウィンドウを再現する
のいずれかでないと意味がないように思います。
最後に閉じたウィンドウ位置だけ覚えるというのもあり得ますが、ユーザーインターフェイスとしては分かりにくい仕様だと思います。

　ターミナルのウィンドウの大きさは設定に有りますよね、
開いた位置は記憶に無いですが、自分はウィンドウの大きさは変更して
使っています。
　その設定が反映しないと言うのだと、又、別ですが。

Hit-C 様、ありがとうございます。
なるほど。ウインドウ位置を覚えない仕様というのも確かにあり得るかなと思います。
しかし、ターミナルに限って言えば、少なくともどこかからウインドウを開く位置情報を読み込んできているようです。
ホームフォルダを丸ごと、以前バックアップを取ったものに差し替えてみると、ウインドウを開く位置が変わりましたので。
この場合、
　実際に読み込んでいるファイルがどれなのか。
　その位置情報は、何がどのタイミングで記録しているのか。
という点がよくわからないです。

ターミナルは新規のウィンドウの位置は保存されませんが、ウィンドウを保存しておくと、その位置は保存されます。これをターミナル起動時に開くように設定しておいてはどうでしょうか？
具体的には、新規シェルを開き、それをSave Asでどこかに保存。このときに「ターミナル起動時に自動的にこのファイルを開く」という主旨のオプションがあるのでチェックします。そうすると、ターミナルを開くとこのファイルが開き、位置も記憶されています。環境は、Mac OS 10.3.9です。

YK30様　ありがとうございます。
10.4.2 でも上記の方法が有効であることを確認しました。
これで実用上の問題はなくなりました。
ありがとうございます。
ちなみに、ウインドウの位置情報を記録しているファイルがわかりました。
　‾/Library/Preferences/com.apple.Terminal.plist
のようです。
ウインドウ位置以外にも、いろいろな情報を記録しているようです。
ただし、ウインドウ位置に関して言えば、上記の方法で解決しますのであえてこのファイルを編集する必要はないかも知れません。
皆さんの投稿から察するに、ターミナルに限っては、毎回ウインドウの位置を記録するようなことはしないようですね...
これは仕様として理解したほうがよいのかも知れません。