頻繁に「ノードが正しくありません」表示が出る

10.4を購入して昨年の12月頃インストールしました。現在10.4.5までアップデートしています。他に10.2.8と9.2.2を入れています。
10.2.8と9.2.2にノートンのDiskDoctorを入れているのですが、これで10.4を修復しようとすると題名のエラーが度々表示されます。
このエラーが出ると修復が不能になります。OSに付属しているDisk First Aidでも修復できません。「カタログBツリー」のエラーまでならどうにかなるのですが..影響は軽度だとDockに新しい項目が入れられなくなる等ですが、重度だとハードディスク自体が見えなくなってしまいます。
このエラーの為10.4を3回インストールし直してます。それほど中心部の書類構造は崩れやすいものなのでしょうか。それともターミナルを下手にさわったりするのがまずいんでしょうか。内部の方は全然わからないのでこの文もDiskDoctorの説明書を見て書いています。