迷惑メールフォルダに他のメールが入る

ルールの設定ファイルか、迷惑メールの設定ファイルが壊れている可能性が高いです。Mail.app終了させた状態で、下記のどちらかをデスクトップへ移動させ様子を見られたらどうですか。
「ルールの設定ファイル」
/Users/ユーザ名/Library/Mail/MessageRules.plist
/Users/ユーザ名/Library/Mail/MessageRules.plist.backup
「迷惑メールの設定ファイル」
/Users/ユーザ名/Library/Mail/LSMMap2

ぽん太さん、返信ありがとうございます。
教えていただいた３つのファイルを個別にまたはまとめてデスクトップに移動したりしてみましたが、残念ながら問題の改善には至らないようです。
迷惑メールフォルダの未読メールの数の表示も正しくないみたいです。3とか5とか表示されますが正しくなく、それが表示されたり消えたり（未読メールが無い状態の表示）します。
環境設定でルールを全部削除し、迷惑メールのリセットをしてみました。
それでも勝手に迷惑フォルダにメールが移動されてしまうようです。移動しても移動しても別のが入ってくる感じです。これは新しいメールではなく、以前別のフォルダに収めたメールがランダムに入ってきます。不思議です..
迷惑メールの機能が正しく働いていないように見受けられるので、環境設定の「迷惑メールフィルタを有効にする」を切りました。しばらく様子を見てみます。

> 迷惑メールフォルダの未読メールの数の表示も正しくないみたいです。3とか5とか表示されますが正しくなく、それが表示されたり消えたり（未読メールが無い状態の表示）します。
DotMacで同期している場合、こちらを参考にされたらどうですか。
「.Mac Mail を使用する Mac で迷惑メール設定を同じにして迷惑メールフォルダの中身を一致させる方法」
http://docs.info.apple.com/article.html?artnum=306215-ja
DotMacを使用していない場合、こちらを参考にされたらどうですか。
「メッセージが見つからない、または“メッセージがダウンロードされていません”という警告が、Mail を開くときに表示される」
http://docs.info.apple.com/jarticle.html?artnum=303803-ja

ぽん太さん、いろいろありがとうございます。
DotMac利用していますが、同期は使用しておらず普段Webメールとしてもみることはありません。Mailで受けているだけですね。
各メールボックスを再構築してみました。
一度に出来ないので、ひとつひとつのフォルダを順番にやって行きました。そうすると、いくつかのフォルダで奇妙な未読メールが発生しました。それらは何年も前のメールもあって、届いたばかりのメールではありません。同じメールがダブってるものもありました。
どうもこういう変な未読メールが順番に迷惑メールフォルダに入ったりしているのではないかと思われます。それらをすべて既読にして、必要なものは所定のフォルダに移動させました。
そのあとは、いまのところ迷惑メールフォルダに古いメールが混じることはなくなりったようです。これは通常の自分で作ったメールボックスだけでなく、ゴミ箱・迷惑メール・受信などの各アカウントのフォルダもやっとかないとダメみたいです。

しばらくおさまったかなと思っていましたがダメでした。
各フォルダを再構築しても、順番に別のフォルダの中の書類が迷惑メールフォルダに表示されます。そのフォルダを再構築すると、表示されていたメールを移動しなくても迷惑メールフォルダから消えますが、変わりに別のが入ってきます。
迷惑メールフォルダに入ってきたメールを削除すると、削除したメールと同じフォルダから別のメールがひとつ迷惑メールフォルダに入ってきます。そのフォルダを再構築すると、別のフォルダからひとつやって来るという法則は見つけました。
ずーっと追いかけてやってみましたが、すべてのフォルダを一巡りしたあとまた最初に障害が出たフォルダに戻ってそこから迷惑メールフォルダにメールがひとつ入ります。どうも同じ順番でまたまわりそうな感じです。いやになってやめました。
環境設定で「迷惑メールフィルタを有効にする」のチェックをはずすと、この現象が起こらなくなります。また、このとき迷惑メールフォルダに入ってしまっていたメールも消えてくれます。チェックを付けると、迷惑メールフォルダにまたどこかのフォルダからひとつメールが入ってきます。
この機能の不具合なのか、当方のメールボックスが壊れているかが原因であるように思われます。

下の方法を行ったらどうですか。
1）Mail.appを終了
2）/Users/ユーザ名/Library/Mail をoption キーを押しながらデスクトップへドラッグ＆ドロップしてコピーする。
3）下をゴミ箱へ移動（デスクトップのMailフォルダ内のものでは無い）
/Users/ユーザ名/Library/Mail/Envelope Index
/Users/ユーザ名/Library/Mail/にある、"POP-"、“Mac-”、“Exchange-”または“IMAP-”で始まるフォルダ
（使用環境では無いものもある）
/Users/ユーザ名/Library/Mail/Mailboxes
/Users/ユーザ名/Library/Caches/com.apple.mail
4）Mail.appを起動
5）メールを読み込む。
問題がなければ読み込むメールは0件になるはずです。
6）デスクトップのMailフォルダを、
ファイルメニュー＞メールボックスを読み込む をする
7）Mailフォルダ内のMailboxesも忘れずに同様に読み込む
注意：一度に読み込むメールのサイズが大きくなりすぎると問題が発生するかも知れません。
「メールボックスにメッセージやファイルを入れ過ぎると、予期せず空になる」
http://docs.info.apple.com/jarticle.html?artnum=25812-ja
Mac OS X 10.5 Leopard でも同様の現象が発生するかどうかは分かりません。

ぽん太さま
何度もお付き合いいただき、本当にありがとうございます。
お教えいただいた手順を試してみました。要するに、メールボックスをすべて作り直すということですね。「注意」でご心配いただいた現象は発生いたしませんでした。
いまのところ「迷惑メールフィルタを有効にする」にチェックを入れても、既にご報告したような不具合は発生いたしません。しばらく様子を見てみますが、上手く行ってくれたようなかんじです。
重ね重ねありがとうございます。本当にお詳しいので驚きます。感謝！