迷惑メールフォルダに他のメールが入る

Tigarから先月の発売時にLeopardに乗り換えました。以来、迷惑メールフォルダの表示がおかしく、困っています。当方の設定と現象ですが、次の通りです。
メールは送信者のメールアドレスまたは件名で適宜別々のフォルダに入るようルールを設定しております。基本的にこれらに該当しないものは全て受信フォルダにて受取るようにしています。またプロバイダ(So-net)でスパムのフィルタに引っかかっているものや、Mailが迷惑メールと判断してくれたものが迷惑メールフォルダに入るようにしてあったはずでした。
Leopardに乗り換えてから、迷惑メールフォルダの中身を表示させると、迷惑メールフォルダ以外のフォルダに入っているはずのメールがひとつふたつ紛れ込んで表示されています。必要なメールが間違って迷惑メールフォルダに振分けられたのではなく、既に正しいフォルダにおさまっているメールが、迷惑メールフォルダの中身としても表示されてしまっているのです。そのことは、ファイルの存在する場所の表示に迷惑メールフォルダ以外の場所が表示されていることからも分かります。
そのファイルを本来収まるべきフォルダに移動させようとしても、元々入っているので、移動させることができません。そのため一旦、受信フォルダなど他の場所に移動させてから、正しいフォルダに移動する必要があります。
この現象は、新たに届いたメールだけではなく、むしろすでに所定のフォルダに収めてあったはずのメールで多く起こるので、当方のルールの設定の間違いではないと考えています。
何かヒントになることを教えていただけましたら、大変助かります。