振り分けルールに不具合

> 振り分けに不具合が出ている方もしくは不具合を解決した方はいらっしゃいますでしょうか。
スマートメールボックス派なのでルールでの振り分けはしていないのですが、唯一新着メールが来たらDockのアイコンがジャンプするように設定していました。
10.5にしてからジャンプしないことに気づき、ルールを確認するも設定に問題はなかったのですが削除して再設定したところ問題なく動作するようになりました。
ルールの数が多いと再設定が大変かもしれませんが、ルールを削除し再設定してみてはいかがでしょうか？
ルールの設定が保存されているファイルは
$HOME/Library/Mail/MessageRules.plistとそのバックアップファイルMessageRules.plist.backup
この2つのファイルを一応バックアップの為にデスクトップに待避した上で再設定を行ってみてください。

HALさん、回答ありがとうございました。
教えていただいたファイルをデスクトップに退避させてからルールの削除・再設定をやってみましたが、新着メールのほとんど全部・保存していた過去メールの一部（メールマガジン）が受信箱ではない特定のメールボックス（メールマガジン保存のために作っていたものの一つ）に振り分けられてしまいました。
そのため現在は元の状態に戻しています。
これは受信箱が受信箱として認識されていないということになるのでしょうか。
もうしばらく様子を見てみようと思います。

既に解決されたかも知れませんが、解決していなければ全てのメールボックスも合わせて作り直してみてはいかがでしょうか。
方法はこのボード内を検索されれば見つかります。
またルールが思ったように動作しない理由ですが、下記は大丈夫ですか。
既知でしたら、無視してください。
ルールは上に並んでいるものほど優先順位が高くなっています。
２つのルールに該当するメールがあった場合には、より上位に表示されているルールに従って処理されます。

コメントありがとうございます。
メールボックスの作り直しはたまたま他のスレッドで拝見したので
実行してみました。
かなり改善されましたが完治とまでは至っていません。
一部のメールマガジン（振り分けルールは設定していません）が
受信箱ではないメールボックスに入ってしまう現象が続いています。
現在は手作業で受信箱に戻しています。
同じ発行サイトのメールマガジンのほとんどは正しく受信箱に入ります。
もうしばらく様子を見ながら原因を探そうと思います。

迷惑メールの設定ファイルを、Mail.appを終了させた状態で、デスクトップへ移動させるとどうですか。
/Users/ユーザ名/Library/Mail/LSMMap2