トラックパッドで副ボタンが利かない

私のところは、問題なく動いております。

問題を切り分けないと原因は掴めません。
新しいユーザ・アカウントで試してみて下さい。
# 問題ない: Homeの中に, 問題あり: Home以外が壊れています。
3rd partyのplug-ins, utilityが問題を起こしている場合もあります。
新しいユーザ・アカウントで問題なければ$Home/Library/、問題ありだと/Libraryに入っていますので外して確かめて下さい。
Clean Installを行って下さい。設定を手作業で行い、取り込むdataを取り込む。
# 設定はTrackpadだけ試せば切り分けられますので、外付けHDDにLeopardをinstallしてUpdateを入れれば良いでしょう。ただし3rd partyは入れないで...
ディスク、アクセス権の修復を行って下さい。

そうですか。かなりレアみたいなんですが、一応 2ch で同じような現象を経験をした人がいるみたいなんで、一応、私だけじゃないみたいです・・。2ch の方は、自己解決された様ですが、同じことをしても私の方は直りませんでした・・。私の方は、2chの記事に書かれている様なシステム環境設定のチェックが消えているような現象は起きてないんで、ちょっと違うのかもしれません。コメントありがとうございました。
ちなみに、同じような現象の方とは、2chの下記のスレッドの946 / 949 です。
▲新・mac板「スレッドをたてるまでもない質問 Part69」
　http://kb2m.sakura.ne.jp/log/thread/1163327142.html

一応、クリーンインストールをしなおして、素の状態で試してみたんですが現象は同じでした。また、新しいユーザアカウントでも現象は同じでした。
以下は試してみましたが、すべて状況は変わりませんでした・・。なんだかなーという感じです。
・クリーンインストール（まっさらな状態で確認）
・PRAMリセット（Time machine で復元した環境で確認）
・PMUリセット（Time machine で復元した環境で確認）
・新しいユーザアカウントの作成（Time machine で復元した環境で確認）
ぴっぴさんがおっしゃっている「問題」とは、何らかの原因で副ボタンの設定に該当する設定ファイルが壊れているのでは？ということでしょうか？もし、Libraryの中のどのファイルが該当する設定ファイルであるのかご存知でしたら、教えていただけますでしょうか。
コメントありがとうございました。

Tiger (Leopard)をinstallで解決しないならTrackpadが壊れています。
# HardかSoftかを切り分けても解決しないなら修理です。
もしもTigerが壊れている場合は...
$HOME/Library/Preferences/com.apple.finder.plistと.GlobalPreferences.plistが壊れています。2つは新しいユーザ・アカウントを作ると綺麗なfilesが入ります。
つまりTrackpadは問題なく使えるはずです。駄目なら修理です。
# Trackpadと衝突する3rd partyのplug-ins, utilityなどが/Libraryに入っていると直りません。
Leopardは持っていないので分かりませんが...
/System/Library/User Template/Japanese.lproj/Library/Preferences/
ここをご覧になれば必要最低限のfileは分かります。

ぴっぴさん、コメントありがとうございます。反応が遅くて申し訳ありません。
com.apple.finder.plist の方は見てみましたが、特に問題なさそうな気がします。.GlobalPreferences.plist の方はファイルはあるんですが、見ることができませんでした・・。（というか、Finderには表示されないのでアクセスができない・・）
修理は大事ですね。。一応、２本指でのスクロールはできてるので、ハード的な不具合ではないと信じてますが・・。もし、修理に出すとするといったんTigerに戻してみて試してからですねぇ。
とりあえず、バージョンアップを待ってみることにします。ご回答ありがとうございました。