デスクトップアイコンが透明に！

徐々に見えてくるっていうのがちょっとわからないのですが、
とりあえずデスクトップファイルを作り直してみては？
起動時にコマンド+オプションを押しっぱなしです。

さっそくの御回答ありがとうございます。コマンド+
オプション試したんですけど、ダメみたいです。デスクトップのアイコンの実体はあるのに、絵が透明・・・、いったいなんでしょうか？あと、起動の時のスタートアップのマックOSの顔のマークが、凄いずれて汚いです。

まず、システムを終了後、起動時にPRAMクリアを行って下さい。
その後、CD起動してみてください。その状態で症状が改善されないなら
モニタの不具合かも？　別のモニタを持っているならモニタを
繋ぎ変えて症状が出るか確かめてみてはいかがでしょう？

モニタは関係ないでしょ。デスクトップピクチャは見えてるらしいから。なのでビデオカードも関係なし。ドライバの不具合とかOSのアイコン管理に問題がある可能性はありますね。
“徐々に見えてくる”というのは幾つかの消えているアイコンが一つずつ見えるようになってくるってことですよね？
ファイル名は見えているという事なので、デスクトップのアイコンを選択してCmd+Iで情報を見るウィンドウを開き、そのウィンドウに表示されているアイコンを選択してCmd+X(切り取り)してみて下さい。これで治るようならおかしなカスタムアイコンが張り付いてしまっている可能性があります。うちの環境でもエイリアスファイルに本体とは別のアイコンがくっつく事があります。ResEditのエイリアスにカスタムアイコンを張り付けたフォルダのアイコンが付いたり。
DiskFirstAidやNortonDiskDoctorなどでチェックしてみて下さい。
あと関係ないかも知れませんが、カスタムアイコンを張り付けたファイルがフラットに300個ぐらい配置されているフォルダを開いた時に、幾つかのカスタムアイコンが表示されずアプリケーションが指定している標準のアイコンが表示されるという事はありました。＞MacOS9.0.4,MacOS9.1
そのフォルダを開き直すと、その前に開いた時とは別のファイルのカスタムアイコンが表示されなくなったり。なので、ディスクの損傷とかではなく、OS側のアイコン管理の問題かなぁとか思ってます。

いくつかの消えてるアイコンがだんだん見えてくるんです・・。アイコンを切り取ってはってみたら、なおりました！なんだったのでしょうか？ランチャーとコントロールパネルは全部灰色のままですが、これもじょじょになおってきます（なにか操作すると）。気にしない方がいいのでしょうか？

＞いくつかの消えてるアイコンがだんだん見えてくるんです・・。
“だんだん”というのは「透明→半透明→不透明」と言う事でしょうか？
だとしたら、そう言う事をする（悪さをする）機能拡張書類とか入っているのかも知れませんね。
＞アイコンを切り取ってはってみたら、なおりました！
張り付けたのなら、それは治ったのではなくて、カスタムアイコンが張り付いただけだと思います。
・・・切り取りが出来ると言う事は元のアイコン情報は壊れてないんですね。
なんか良く解らない挙動ですね。
スタートアップ時のMacOSの顔の絵もずれているとのことなので、手っ取り早くシステムの再インストールをした方がいいような気がします。取り敢えずは上書きインストールしてみて、それでも治らないようなら新規インストール。