.xinitrc に代わる設定ファイルはどれですか？
X関連の初期設定をする時には Linux では 〜/.xinitrc に書いていましたが、
X11を起動した時には 〜/.xinitrc が読み込まれていないようです。
どのファイルに書いておけば良いのでしょうか？
具体的には、
xset fp+ 〜/font/
等を書きたいのですが。
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〜/.xinitrcで大丈夫のはずですが。なぜ読み込まれていないとお考えなのでしょう？
試しに、xtermのオプションを変えてみてください。
（.xinitrcはオリジナルからコピーされていますよね？）