AutoDockというソフトをver10.4.8で使うにはstack sizeをunlimitedにする必要が有るそうです。bash上で.bashrcに「ulimit -s unlimited」を追加し、sourceすると、「bash: ulimit: stack size: cannot modify limit: Operation not permitted」 とエラーが出て変更できません。管理者アカウントからログインしているのですが、原因不明です。
どなたか、お知恵を。よろしくお願いします。
sudo 付けてますか？
管理者アカウントでも、sudo 付けなきゃ一般ユーザと同じですよ。
OSXではstack sizeをunlimitedにはできません。LINUXなどと違い、OSXのスタックサイズは自動伸長せずulimitで指定した値で固定になるためです。指定できる最大値は65536（64MB）のようです。
AutoDockなるソフトがなぜそのように指示しているのか？ですが。
早速ありがとうございました。しかしながら、開発元のHPでそのように指示されております。（http://autodock.scripps.edu/help-center/faq/segmentation-fault-trying-to-run-autodock-3）とすると、HPの記事が間違い（もしくは私の理解不足）ということになるのですね。もしそうなら、autodockのFAQの方に質問を出すことにします。
> OSXではstack sizeをunlimitedにはできません。
sudo で unlimited にしておけば出来るのでは？
sudo ulimit -s unlimited
ならエラー出ません。
コンパイルする前に、システムを unlimited に変更しておけばよいのでは？
レスありがとうございました。早速[sudo]ためしてみましたが、「ulimit -s」でstack sizeを確認したところ、前の指摘の通り65536 (kbytes)で変更が効きませんでした。また、現在は、MacX10.4用にコンパイルされたものを使用しており、作製元でも使えると言っているので、ちょっと困惑しています。また、よろしくお願い致します。
> 「ulimit -s」でstack sizeを確認したところ、前の指摘の通り65536 (kbytes)で変更が効きませんでした
うーん、どうしてでしょうね。自分のところで試した限りでは、unlimited になりましたけど、、、
どうもそのようですね。
確認不足でどうも済みませんでした。
stack sizeの変更ができません
