何回もマウス一瞬停止＞＞不定期にフリーズ

まずマウスの故障を考えたほうが良いと思います。
AGPだともう相当使いこんでいますよね。しかも掃除のしにくいマウスです。
あくまでも、付属のプロマウスということが前提ですけど。
マシンの構成はほぼ僕のマシンと一緒です。
>マウスを動かしたりメニューを選択したりしているだけでもＨＤにアクセスするのでしょうか？
基本的にはそれはないと思います。もちろんファイルをドラッグするとかの操作中は別ですよ。
マウスの動き、メニュー等の動きには、メモリー上にロードされたシステムが（CPUを介して）反応していると思います。
>どなたか解る方おられましたらお知恵を拝借させて下さい！！！
基本的に、人のマシンのことは実際は解らないというほうが本当です。
マウスの種類も、接続の仕方も書いてありませんしね。
OSをそこまで試されたのであれば、後はマウスを変えてみるしかないと思いますが、如何でしょう？

1.マウスの接続先USBポートを変える
2.現在使用しているマウスを他のマウスに変える
3.現在使用しているマウスを他機種に接続して使用する
を行い、マウス側かUSBポート側かの切り分けをしてみて下さい。
フリーズする前のアクションが、いずれもマウス移動を含んでいること、
無線式マウスが電池切れになった状態（マウスから信号が出力されない状態）に似ていることから、
マウスの不具合である可能性が高いように感じます。
USBマウスの電源線が断線しかかっている場合、
マウスのUSBコネクタを差し直したと認識され、
HDDが駆動する事は考えられなくもありませんが、
OSやアプリケーションで不具合が発生していない様なので、やはりハードの問題でしょう。

アリガトゴザイマス！！！
キーボードもマウスも付属のものではありません
マウスはUSBの透明のPRO MOUSE（赤い光を）でキーボードは同じくベースが透明のPRO KEYBORDを別売りし始めた当初購入しました。けどマウスの故障でフリーズまでいってしまうんですね・・・うーんホントにPC内で何が起こるか解らないもんですね。
＞もちろんファイルをドラッグするとかの操作中は別ですよ。
ファイルドラッグ中にフリーズすることもあります。
ということはHDの可能性もまだ消えてないんですね・・・。
ちなみにOSテストに関しては元々使っていたOSにアップデータをインストールしています。それについては何か問題ありますか？やはりCDROMからインストールし直しでしょうか？

黒のProMouseは使い方によっては、断線し易い傾向があるようです。
マウスのUSBケーブルが内部で時々ショートするような状態なら、Macがフリーズする事もあります。
試しに、他のマウスを繋いでみては？
製品付属のマウスでも、Windows用USBマウスでもかまいませんから。

ありがとうございます！
マウスを直接本体のUSBコネクタに差しましたが
やはりマウスの異常が見られたので、付属してきた丸マウスを使って書き込みしています。30分ぐらいたっていますが今のところは正常ですが、もう少し様子を見てみます。

付属していた丸マウスで様子見ています。
今のところ正常です、もしかして直ったかな？
また書き込みします。ありがとうございました！

解決の目途が着いたかもしれないですね。
で一言、補足というか、言葉のたらなかったところを。
>>もちろんファイルをドラッグするとかの操作中は別ですよ。
これなんですが、ドロップした時点で多分HDへのアクセスが発生します。
そうでないとき、つまりモニター上でドラッグしているときはキャッシュされたデータを使っていると思いますので、正確にはドロップしたときと書くべきでした。それで、
>ファイルドラッグ中にフリーズすることもあります
という事は断線かもしれないと、粕谷　明さんは指摘されたんだと思います。
マウス、キーボードは意外と消耗品です。かなり頻繁に壊れますというか、具合が悪くなります。
気をつけて下さい。
>マウスの故障でフリーズまでいってしまうんですね・・・
マックは常に周辺機器の状態を、OSを通して確認しています。起動時に初期化して使える状態にします。
その後使えない状態になるとOSの初期化情報と齟齬が生じます。これをそのまま使おうとするとOSに「OSが対応できない情報なり命令がい行く」事になりそれが原因でフリーズするのでは。（----これは推測です。何の根拠も有りませんよ。）

丸マウスにして半日ほど様子を見てみましたがフリーズしなくなった模様です、ということで今回のトラブルはPROマウスの断線を原因としました。書き込みしていただいた皆さんどうもありがとうございました！
で！実はテストに使っていた丸マウスは同僚のマウスでして自分の丸マウスを探したのですが見あたらないのです！そこでPROマウスを修理に出そうと思うのですが、保証期間が過ぎていました。このような場合アップルの有償修理に出すほか選択肢は無いのでしょうか？

保証期間が過ぎているのなら、有償修理しかありません。
（実際は修理ではなく、交換）
もしくは、修理ではなくProMouseを販売店で買い直すか...。
なお、現在出荷されている単品のProMouseの黒モデルは、USBケーブルが白モデルと同じ物に変更されているようです。
ケーブルが長くなり、硬性が若干上がっています。
（販売店の在庫状況にもよります）
黒マウスに真っ白なケーブルは、ちょっと違和感がありますけれど。

>>保証期間が過ぎているのなら、有償修理しかありません。
（実際は修理ではなく、交換）
ということは新規購入と金額はほぼ変わらない可能性アリですね。逆に送料がかかって高く付くとか！
>>黒マウスに真っ白なケーブルは、ちょっと違和感がありますけれど。
なんだか余り物を組み合わせて作ったみたいな感じですね。
純正じゃないマウスも検討の余地に入れてみます。
ありがとうございました。

マウス買ってきました。パッドも購入し異様に滑りが良いです。
白マウスはカイコの繭のようで気持ち悪いので前と同じの黒マウスにしました。
購入前にアップルサポートに連絡したところ有償修理した場合￥8000かかるとのことで新規購入を勧められました。内部のメカ部分だけ交換できればカンキョーにやさしくなれるんですけどね。外部クリアー部品は割れてこわれたわけではないのにもったいない。
そんなわけで完全復活いたしました！色々お世話になりありがとうございました。

私は他社製のマウスを使用していますが、
shuheiさんのコメントを読んでから、
店頭の白マウスがカイコの繭に見えて仕方ありません（笑）。