頻発するフリーズの原因は熱だった！　のですが

前面底部の吸気口は奇麗になっていますよね？
（根本的に、ここから吸気出来ないと内部温度が上がりますから）
その上で、
・前後のHDDベイ間にある冷却ファンを風量の多い物に交換してみる。
　（騒音が増える可能性もありますが…）
・PCIスロットに装着するシロッコファン等で空気の循環を改善してみる。
　（あまり効果がない場合もあります）
また、
・HDDをCPUから離す為、前方のドライブベイに移してみる
　（空いている場合）
・HDDにHDDクーラーを装着してみる
　（厚みが増すので、各HDDベイに１台しか内蔵出来なくなります）
・発熱量の少ないHDDに交換してみる
　（プラッタ枚数が少ない物、消費電力が少ない物）
さらに、
・一番CPU寄りのメモリスロットを使用しないようにする
　（気休めの場合が多いですが…）
このあたりの事を試されてみては？

TemperatureMonitorで温度監視をしてみて下さい。フリーズする時の温度を
モニタして下さい。異常な温度でしたら設置場所を考えるとか、冷却系の異常
が無いかを確かめる必用があります。

いまさらレスですが、ハードにパソコンを使用していないのなら、
CHUD toolを使うといいですよ。自分はL3キャッシュをオフにして使ってますが、
まったくフリーズしなくなりました。ためしに使われてはどうでしょうか。

私のFW800も安定しません。カーネルパニック結構起こします。
この夏に頭にきてシステムのクリーンインストールをしてみました。10.2→10.3→10.4
しばらくは快適でしたが、最近またカーネルパニック起こします。
正月休みにメンテナンスをする予定ですが、熱なら冷却だけ考えればいいのですけど…

松尾和浩 さん、こんにちは
熱ならサイドパネルを開けたりすれば改善はしますが、カーネルパニックの主原因の一つはメモリと言われています。とりあえず、システムの更新をしても改善していない様なので、メモリを疑ってみるのもいいかもしれません。
《書き込みにコメント付け隊》
　　　いとうみきでした

FW800 1Ghzを使っています。
2003年秋に購入後2004年春から夏にかけて、突然のフリーズ（カーネルパニックではないが全く反応しない）、そしてフリーズ後にパワーボタンを長押ししても電源が切れず、仕方なく電源コードを抜いていました。その後に起動しようとパワーボタンを押しても一瞬光るだけで起動せず、PMUをリセットするとやっと起動できる状態でした。またフリーズより回数は少ないですが、カーネルパニックになることもありました。
ちょうど暖かくなってきていた頃だったので、熱暴走を疑いHDD2台の内1台を前側（ATA66）に移す、筐体内のホコリを取り除くなどしましたが、改善しませんでした。Apple Careサポートラインの指示に従ってHDDを初期化しOS再インストールをしたところ、フリーズの回数が減りました。
しかし、症状がほとんど出なくなり忘れかけていた2004年秋に再発し、熱暴走ではないかもしれないと思いジーニアスバーに相談したところ、PSU（パワーサプライユニット＝電源ユニット）の不具合ではないかといわれました。それまでのHardware Testではすべての項目が「問題なし」だったこともあり、思いがけない部分でした。（電源ユニットは検査されないのでしょうか？）
修理に出したところ、やはり電源ユニットに問題があり、交換になりました。修理後は、問題なく使えています。修理代金は2万円ほどで、Apple Care Protection Planに入っていればよかったと後悔しています。似たような症状なので、参考になればと思い投稿します。

G4 MDD FW800 1.25GHz DUAL使ってますが、MDDには今の季節は良いですね（笑）
私のMDD購入して初めての夏になった時、熱により三次キャッシュが亡くなり、今でも二次キャッシュだけで頑張ってます。
CPUとHDDの熱により不安定になるし。。。カーネルパニックは頻繁に出るし。。。
ファイルは壊れまくるし。。。
本体の中の熱が凄くまともに使えないので内蔵HDDを取り外して、今ではHDDは全てFW800に接続してます。
速度的な不安もありましたがとあるMAC専門ショップで売られてるFW800ケースで起動ディスクにしてますが、ATA100に接続した時と変わらない速度です。
ベンチマークではG5のSATAよりも速いですよ（笑
dTwinでもRAIDを組んで使ってますが、FW 800ではRAID 0を組んでも単体でFW800と接続した時と体感速度は変わらない感じです
でも以前のようにカーネルパニックやカタログツリーが壊れる事に悩まされなくなりました。
今後もさらに快適にMDDを使うなら水冷にした方がいいのかな・・・

増設しても機嫌よく動いている事例がありますので、ご紹介しておきます。
"初期型MDDのATA66バスにおけるBig Drive対応の有無" #12, 2005/11/21 11:26pm
#MDDの話ですが、基本構造はFW800と同じですので。
私はというと、HDD3台、光学ドライブ2台、メモリ4枚、PCIカード2枚で
電源は対策前の400W、冷却系も素の状態です。まあ、CPUが遅いのが幸い
しているかもしれませんが。
ふと思ったことですが、トピ元のでんきやさんの
> 起動時以外は静かだと思ってた
を拝見すると、ファンコントロールが出来ていないようにも思えます。
冬でも、エアコンを高めに設定したら、OSXだとファン速度に変化が
ありますので。
解決策をご提示しているわけでなくて申し訳ないのですが、たまには
不具合以外の投稿があってもよいかなと思いまして・・・