MPG-MOV変換後、縦横変換すると画像がカクカクしてしまいます。

質問を投稿した後で、過去ログでezQさんのTerminalで操作する方法をみつけ、試してみましたが、やはりカクカクしてしまいます。

おそらく再生負荷が高すぎて、CPUパワーが追っ付かない状態なんじゃないかと思います。再生負荷を軽減する為には、
1. 独立再生形式で保存。（通常保存だと参照ファイル形式になり、より再生負荷が高くなってしまうようです）
2. それでもダメならM-JPEG等の再生負荷の軽いコーデックに「書き出し」。
2までやってダメなら他に原因があるのでしょう。

縦横変換するのであれば、リアルタイム変換をせず、一旦書き出ししてください。
90度回転は、GPUで処理出来ないのでCPUで処理していると思われます。
ムービーのプロパティ−ビデオトラック−サイズの画面で、90度回転を設定して再生しているのだと思いますが、これはCPUで処理していますので遅くなります。
手元のPBG4 1.25 FW800ですと、180度回転だとこま落ちしないのも分かりました。左右反転、上下反転とその組み合わせは、GPUで処理出来るようですが、90度回転はGPUではだめでした。
明るさ、コントラスト、色合い、カラーの調節など、いくつかの処理はGPUでは処理出来ず、CPUで処理しないといけないものがあります。
なので、こま落ちが出る時は、一旦調節後のムービーを書き出してしまうのが、確実です。

ガリラヤさん、MyCometG3さん、ありがとうございます。
90度回転は大仕事なんですね。
縦横変換したファイルをポップメニューにあるいろいろな方法で書き出ししてみましたが、すべて無音になってしまう上、画面が小さくなってしまったり、横につぶれてしまったりで、使い物になりません。イラスト効果みたいになってしまうものも。
ダンス教室でのステップを撮影したものなので、多少色がくすんだりざらついても、動きがスムーズにはっきり見える事が大事なのですが、この目的にはFLC変換したものが、画面がちらつき、ざらつくものの、小さくならないし、つぶれなくて、ましかな、という感じ。でも無音になってしまったので、結論としては、一番きれいで手っ取り早いのは、オリジナルの縦撮り画面を、首を傾げて画面を見る事のようです。（iBookを縦にして観るのはやめた方がいいですよね？）
音声の事は、いったん分離してからまた繋げるとか、きっといろいろ方法はあるのかもしれませんが、そこまで手間をかけられないので、もういいことにします。
（前に愛用していたRicohのデジカメでは動画はAVIで、QuickTimeProできれいに音声入りで縦横変換できたのですが、残念です。）
どうもお世話になりました。

音が出ないということですから、元データはMPEG-1(Muxed)と思います（MPEG-2かもしれないけど）
MPEG-1をMPEG-4に変換する記事を、拙文ながら紹介していますので、ご参考にどうぞ。
http://blog.so-net.ne.jp/MyCometG3/2005-01-07-2

お礼が遅くなりました。
やはり、つい、”引いて”しまいますが、今度時間のある時に落ち着いて試してみようかと思います。どうもありがとうございました。