MPG-MOV変換後、縦横変換すると画像がカクカクしてしまいます。

みなさんこんにちは。
SONYのデジカメでダンスの動画を撮ったのですが、うっかり縦撮りしてしまったので縦横を変換したくて、QuickTimeProでやってみたところ、音声は正常なのですが、画面がカクカクしてしまって、とても見れたものではありません。（コマ落ちっていうんですか？）　これは仕方のない事なのでしょうか？　
もし、仕方ない事なら、今後は、縦撮りしないように気をつけるので、撮ってしまった10本ほどの短い動画の縦横さえ変換できればよいのですが、フリーのソフトで可能なものがあればご紹介いただけると助かります。