Macで作成したmovファイルがWindowsのQTPlayerでは再生できない

最低限の情報が欠落しています。Macでファイルを開き、「ムービーのインスペクタ」を表示し、「フォーマット」行の情報を記載してください。これが分からないと、どんなプラグインが必要か回答できる人はいないと思います。

申し訳ありません。動画に関しては詳しくないもので・・・
「Windows Media Audio 9 Standard, ステレオ, 44.100 kHz
Windows Media Video 8、640 × 480、約 1670 万色」と表示されます。
ただ、Windows Media Playerでも再生できないのですが・・・。

QuickTime用のコーデックではなく、Windows Media用のコーデックを使い、なぜかQuickTime形式のファイルにしてしまったのですね。
QuickTimeは本来、この手の変則的なファイルを再生できません。しかし、Flip4Macなどのプラグインを入れていると再生できます。
さて、Flip4Macは、Windows Media Playerが存在しないMacで、Windows Mediaのファイルを再生するためのプラグインです。そのため、Windows用には存在しません。
さらに、QuickTime形式のファイルなので、Windows Media Playerで扱うこともできません。
つまり、SKASさんが作った変則的なファイルを再生する手段は、Windowsには存在しません。（少なくとも私が知る範囲には）
解決するには、2種類の方法があります。
1) Windows Mediaのファイルに変換する
Flip4MacをPro版やStudio版にアップグレード（有料）すると、QuickTime PlayerでWindows Mediaのファイルを作成できます。
これならば、Windowsで普通に再生できます。
コーデックを変更しないので、もしかすると、画質や音質の劣化を避けられるかもしれません。
2) 一般的なQuickTimeファイルや、MPEG4ファイルに変換する
QuickTime Player (Pro版)を使って、「保存」ではなく「書き出し」を行います。
これでQuickTimeが本来扱えるファイルになります。
当然、Windows版のQuickTimeでも再生できます。
コーデックを変更するので、必然的に、画質や音質が（程度は設定により様々ですが）劣化します。

> QuickTime用のコーデックではなく、Windows Media用のコーデックを使い、なぜかQuickTime形式のファイルにしてしまったのですね。
>
結果的には変なことをしてしまいましたが、最初は真っ当な考えを持って変換したのです(笑)
実はこれらのファイルは、元々はwmv形式だったのですが、Flip4Macを使っていても、あまり大きいサイズ(>500M)のファイルはMacのQTPlayerではダブルクリックで開けないことが多いため、わざわざ「書き出す...」の「ムービーからQuickTimeムービーへ」で変換したのです。
ただ、その後あまり使わなくなったので、MacのHDDからWindows用に使っているHDDに移動させたのです。QuickTimeムービーなんだらか、当然WindowsのQuickTime Playerでも再生できるものと思っていましたが、いざ再生しようとすると出来なかった・・・というていたらくです。
野尻さんの方法しかなければ、結局再変換が必要ということで、結構膨大な時間がかかります。ホントに他に手がなければ、MacのHDDに戻します。
上記変換をした時はPowerMacG5Quadだったので、変換も速く、同時に他の作業もできたのですが、今はMac miniなので、変換待ちが辛いのです。Windowsマシンは普段使っていないので、こちらで変換できれば、いくら時間がかかっても良いのですが、何か方法はないでしょうか？

Macでwmvの素材を変換するのって結構面倒、、というかそもそもツールが少ないんですよね。
なので僕は、wmvを作る、素材にする時の作業はWindowsで行っています。
Winなら有料、無料で様々なツールがあるので。（有りすぎて選ぶのに困る程）
Flip4MacがあればOK!みたいな風潮もありますが、wmvのバージョンの違いなどもあり、僕は全く使っていません。（wmvはWinで！と思っているので）
野尻さんも書かれている様に、MPEG1が無難だと思います。
これにしておけば、Mac、Winで関係なく見れますよ。

>Windowsマシンは普段使っていないので、こちらで変換できれば
たぶん、方法はないです。
1年ほど前に、SKASさんと同じことをしました。(^^;
QuickTime for Windowsで再生できると思ったらダメで、ネットでPlug-inを探しまわりました。QuickTimeからWMVへの変換ソフト（Windows用のフリーウェアやシェアウェア）も探して試しましたが、すべてダメ。結局、Flip4MacのProキーを買いました。
とはいえ、あれから便利なソフトがでているかもしれませんし、私の探し方が不十分だったかもしれません。