縦横比が変わる。

細かいワークフローと各ムービーの詳細がわからないので何とも言えませんが、とりあえずQuickTimeで各素材ムービーを開き、「ムービーのプロパティを表示」コマンド（Pro版のみ）で、ビデオトラックの「標準のサイズ」「表示サイズ」「調整後のサイズ」を確認してみてください。
強制的に16:9で認識させる場合は、表示サイズを854x480に調整・変更してiDVDに読み込むと、16:9にて認識されます。
解像度がまちまちのムービーでも、QuickTime Player上での表示サイズを意図的に調整した後でiDVDに読み込む事で、4:3や16:9の認識やレターボックスの状態を（ある程度）操作する事ができるようです。（私はiDVDにて走査フィールドを保護したい時に、上記の方法を使います）
QuickTime Playerでの表示は正常…との事なので、もしかしたら上記の方法では対応できないかも知れませんが、参考までに。。
＊もしQuickTime Pro版を持っていない場合は、AppleScriptの命令により表示サイズを操作する事ができます。

ezQ 様
早速サジェッションを頂き有り難うございました。
ムービーのプロパティは以下の通りです。
　 4：3の場合＝表示サイズ944×531　標準及び調整後のサイズ1888×1062
　16：9の場合＝　　〃　 960×540　　　　 　　〃　 　　　1920×1080
両者の解像度の違いは1920×1080がフルスペックハイビジョンTVで再生することを念頭に作成したものです。
アスペクト比は両者とも16：9なのですが、
＜表示サイズを854x480に調整・変更して＞
というのは QT Proで854×480として書き出すこと、と仮定してやってみると再生でコマ落ちが発生、音声が消失という結果になりました。
画素数は間違いなく16：9であり、QTで再生すると問題ないのに、プレビューで4：3になる理由がわかりません。
＜解像度がまちまちのムービーでも、QuickTime Player上での表示サイズを意図的に調整し＞
というのはどのようにするのでしょうか。また、
＜AppleScriptの命令により表示サイズを操作する＞方法をお教えいただくとありがたいのですが。
お手数かけますがどうぞよろしくお願いいたします。

なるほど、状況が大体解ってきました。iDVDは、どうもQuickTimeの表示サイズで画面アスペクトを切り分けているふしがあり（マニュアルに詳細が書いてないので不明）、DVDの縦のビデオ解像度（フィールド数）に合致させて読み込んだ方が思い通りの結果になるようです。
つまり、iDVDに読み込む為には、まず縦を480pxに合わせた方が良いと言う事です。iDVDはSDのDVDしか作成できませんから、HD仕様の素材を流用する場合はSD DVDの解像度へ変更して読み込んだ方が、意図通りの結果に導きやすいです。
SD DVD解像度への変更は、QuickTime Proを所有しているのなら、「ムービーのプロパティを表示」で表れるウィンドウ上で操作するのが一番手軽です。
ビデオトラックの「ビジュアル設定」を表示し、「リセット」ボタンをクリックして標準のサイズに戻し、「アスペクト比を保持」のチェックボタンをOFFにした後、「調整後のサイズ」の入力欄に854と480をそれぞれ入力します。画面サイズの調整が終わったら、上書き保存し（新たに書き出す必要はありません／上書きしたくない場合は、Finder上で複製したものを使ってください）、iDVDに読み込みます。
>再生でコマ落ちが発生、音声が消失
新規に書き出す場合は、QuickTimeの設定を細かく調整する必要があります。コマ落ちしたのはおそらくデフォルトの「ロスレス圧縮」（アニメーション圧縮／最高）のままで書き出したからではないかと推測されます。ロスレス圧縮は非常に転送レートが大きいため、リアルタイム再生でコマ落ちする原因となります。ただし、iDVDに読み込んでMEPG2に変換されれば、コマ落ちは解消されます。
>AppleScriptの命令により表示サイズを操作する
AppleScriptからdocument及びtrackのdimensionsを書き換える方法です。以下のスクリプトでは最前面のムービーのビデオトラック全てに{854,480}を適用しています。
tell application "QuickTime Player"
tell front document
repeat with theTrack in tracks
if type of theTrack is "vide" then
set dimensions of theTrack to {854, 480}
end if
end repeat
end tell
end tell
取り扱い上の注意としては、documentの表示サイズとtrackの表示サイズの「２重変更」です。実はQuickTime7以降の表示サイズのAppleScript操作は、結構クセがあり、それなりにコツが必要となりますので、Pro版をお持ちの場合は、GUIから操作した方が無難かと思います。

QTPlayerで正常な比率に見えるケースで、他のアプリケーションで4:3になってしまうケースは、Track ApertureというQT7の新機能でアスペクト比の変更が実現されている場合が考えられます。
QTPlayerProでムービーのプロパティを開き、トラックIDが-NA-となっている行を選択してから「プレゼンテーションタブ」を開きます。
アパーチュアを結合：クリーンとなっている場合、いわゆるビデオトラックの縦横ピクセル数「ではなく」、ビデオデータ自体のアパーチュア属性に基づいて、補正のかかった数値が、ビデオトラックの「標準のサイズ」欄として表示されます。
説明は後にして、まずはアパーチュアを結合を外しましょう。それから、ビデオトラックのビジュアル設定を開き、「アスペクト比を保持」のチェックを外してからサイズ欄に希望する値を入力します。
これを「別名で保存...」して、iDVDに読ませてみてください。今度はきちんといくのではないでしょうか？
アパーチュアは、一言で言うと引き延ばし機能に相当し、オーサリングツールの一部機能がQTで使えるようになったものです。1)映像の左右の一部領域を表示範囲外の無効領域として扱う（テレビの走査線を想定）ことができたり、2)ビデオデータを正方形ピクセルで持ち、表示は非正方形ピクセルとして扱うことができたり（SD／HDデータを決まった固定解像度720x480で持つなど）します。
現在のところ、QTのApertureサポートは、あまり他のアプリケーションに普及していません。例えば、Tigerのファインダでプレビューを見ると、思いっきりApertureを無視します。LeopardのプレビューやQuickLookではApretureをきちんと扱うようになりました。
そういうアプリケーションは、DVデータを720x480で「表示」するのですぐ分かります。

QTPlayerで正常な比率に見えるケースで、他のアプリケーションで4:3になってしまうケースは、Track ApertureというQT7の新機能でアスペクト比の変更が実現されている場合が考えられます。
QTPlayerProでムービーのプロパティを開き、トラックIDが-NA-となっている行を選択してから「プレゼンテーションタブ」を開きます。
アパーチュアを結合：クリーンとなっている場合、いわゆるビデオトラックの縦横ピクセル数「ではなく」、ビデオデータ自体のアパーチュア属性に基づいて、補正のかかった数値が、ビデオトラックの「標準のサイズ」欄として表示されます。
説明は後にして、まずはアパーチュアを結合を外しましょう。それから、ビデオトラックのビジュアル設定を開き、「アスペクト比を保持」のチェックを外してからサイズ欄に希望する値を入力します。
これを「別名で保存...」して、iDVDに読ませてみてください。今度はきちんといくのではないでしょうか？
アパーチュアは、一言で言うと引き延ばし機能に相当し、オーサリングツールの一部機能がQTで使えるようになったものです。1)映像の左右の一部領域を表示範囲外の無効領域として扱う（テレビの走査線を想定）ことができたり、2)ビデオデータを正方形ピクセルで持ち、表示は非正方形ピクセルとして扱うことができたり（SD／HDデータを決まった固定解像度720x480で持つなど）します。
現在のところ、QT7のApertureサポートは、あまり他のアプリケーションに普及していません。例えば、Tigerのファインダでプレビューを見ると、思いっきりApertureを無視します。LeopardのプレビューやQuickLookではApretureをきちんと扱うようになりました。
そういうアプリケーションは、DVデータを720x480で「表示」するのですぐ分かります。

ezQ様
お説に従い、854×480で設定しましたが、勝手に854×1062となり結局意図したことに反する結果となりました。数回入力し直してみましたが同じ結果でした。
そこでAppleScriptを実行しようとした矢先にMyCometG3様からのヒントを頂きましたのでこちらを実行。この方法で正常表示となりました。
MyCometG3様
Track Apertureについては全く知識がなく、詳細な解説を頂き有り難うございました。お蔭様で大変助かりました。
サポートいただいたご両人に心から感謝いたしております。また機会がありましたらご指導よろしくお願いいたします。
どうも有り難うございました。

私もQuickTime上でのアパーチュア使用例として参考になりました。日頃QuickTimeのピクセル縦横比補正は使っておらず、他のアプリケーションの設定で調整・運用する事が多かったので、選択の幅が広がりました。
どうも有り難うございました。