レイアウトが崩れてしまいます（IEの規定外文法の話ではないです）

いきなり本題で失礼します。
先日、家内のiBookをソフトウエアアップデートをかけました。家内のはマメにアップデートしないので、10.3.6にしたり、ほかにも同時にいっぺんにアップデートしました（何をアップデートしたかは覚えておりません）。
そして、席を相当時間外してしまい、戻ってみると、スクリーンセーバーが作動していて、画面は真っ黒。そこでスクリーンセーバーを解除すべくトラックバッドにさわりましたが、ウンでもスンでもありません。
仕方ないので、強制再起動しました。すると、グレーのリンゴマークの後、画面がブルーになったまま、「MacOSX」の画面が出てきません。
その後PRAMをリセットし、さらにPMUもリセットしましたがダメで、仕方なくMacOSX Insallディスクから、OSをアーカイブインストールで「元の設定を残す」にチェックを入れて、再インストールしました。すると、OSXは10.3に戻ってしまいましたが（当然です！）、無事起動しました。
しかし、Safariが起動はするけど画面が表示されません。Dock上のSafariのアイコンを長押しすると、「名称未設定」のウインドウは存在するかのごとく、いかにも正常に作動しているのですが、画面上には現れません。
その後、ショートカットキーでホームページを表示させようとすると、ウインドウが現れました。しかし何も表示されていません。アドレスバーに文字も打てません。ホームボタンを押してもダメ。その時のバージョンは1.1でした。
その後もう一度ソフトウエアアップデートから10.3.6にアップしました。するとSafariは1.2.4(125.11)となり、ページの表示はされるようになったのですが、一部HTMLソースがそのまま表示されてしまう、という現象になってしまいました。
その後試したことは以下です。
- 私のPB内のSafari(v1.2.4-125.12)をコピーして起動したが、同様
- ユーザの下のPreferenceのcom.apple.Safari.plistを削除して起動したが、改善せず
- ユーザの下のPreferenceのSafariフォルダを待避させて起動したが、改善せず
もうクリーンインストールしかないかな、と覚悟は出来ているのですが、もし原因や対処方法をご存じの方がいらっしゃれば、御指南いただければ幸いです。どうぞ宜しくお願いします。