タグ情報の変更は、少しずつで良いと思います。
アーティストの項目をアルバムアーティスト欄に移す作業をしている
「移す」必要はありません。
アーティスト情報はそのままに、アルバムアーティストにも入力すれば良いのです。
空白にしたはずのアーティスト欄が前のまま残る盤とがあり
原則として、アーティスト欄を空欄にすると、アルバムアーティストの情報が自動的に入力されます。
むしろ、空欄のままになったほうが不思議です。スペースとか入れましたか?
空欄(スペース?)のままだと、iPodなどで再生するときに、アーティスト名が表示されなくなります。さらに、アーティスト名で曲を探せなくなります。
読み込まれた楽曲ファイルをどのようにHDDに記録して欲しいかが、実質的な興味だと思います。
これは、iTunes Musicフォルダのなかの、フォルダ構成と、ファイル名のことでしょうか?
それでしたら、無視してください。
iTunesの設計思想では、曲(ファイルではなく、曲)を管理するのはiTunesであり、iTuensのライブラリデータベースがすべての情報の保存先です。
その情報の一部だけが、曲ファイルに記録されたり、iTunes Musicフォルダ内の構成に反映されているに過ぎません。
なぜファイルをアルバムアーティスト毎に作っているのに、アーティストがキーになっているのかわかりません。
ブラウズ画面での分類や、iPodでのブラウズ機能では、アーティストが使われます。
アルバムアーティストは、先のコメントでも書きましたとおり、アルバムを識別するための予備情報です。
世の中には同名のアルバムがたくさん存在するため、アルバム名だけでは、アルバムを一意に識別できません。そのため、予備情報としてアルバムアーティストを使っています。
そんなわけで、既存のファイルについては、単一のアルバムが複数のアルバムと誤認されたり、複数のアルバムが1つのアルバムと誤認されるときに、アルバムアーティストを入力すれば良いと考えます。(新たに追加するアルバムにも、今後のことを考えて入力しておくと良いでしょう。)