私のiMac(MA878J/A Mid2007)も10.6の時点から同様のトラブルに見舞われています。
少し整理してみますと・・・
(1)Leopard(10.5.8)からSnow leopardをインストール。
(2)「ようこそ」のムービーがフルスクリーンではなくウィンドウで再生される。
(3)再起動直後の「移行アシスタント」でTimeMachineからバックアップを読み込んで今まで通りの環境が再現される。
(4)ところがMail.appでメールにファイルを添付しようとしたり、SafariでSNSに画像を貼り付けたり、Office(2008)などで画像を挿入しようとしたりするとかなりの頻度(70%〜80%)の確率でアプリが落ちてしまう。
(5)Adobe CS4でも同様で、保存(Command + S)を繰り返していれば一日使っていても落ちないが、「別名で保存」を選んで保存場所のウィンドウが開くとその後すぐに落ちてしまう。
(6)どうもFinderに関係した不具合ではないかと想像された。
(7)そこでお決まりの「ディスクユーティリティでアクセス権の修復」「キャッシュのクリア」「PRAMのクリア」「Safeブートで起動」など思いつくことはいろいろやってみたが駄目。
(8)「互換のないアプリ」の中に「Norton Anti Virus ver.11」が入っていた。(これがすべての原因だったのかも)
(9)1週間ほど使っていたが、あまりに落ちる(クラッシュする)のでTimeMachineでシステムを復元してLeopardに戻す。
(10)Leopardに戻すと当然ながら何事もなかったかのように今までどおり使える。
この辺りまでがjiro3さんと同じような状況です。
さらに悲劇は続き・・・・
(11)Snow leopardのアップデータ(10.6.1)が出たのでバグ取りが行われたものかと思い、アップデートに再チャレンジ。
(12)ところが、驚いたことに、SnowLeopardからLeopardに戻して以来、TimeMachineが動いていなかったことが判明。
メニューバーのTimeMachineアイコンはクルクル回っていたのだけれど、99%まで進むもののバックアップが取れていないままタイムアウトを繰り返していた様子。
(13)この時点ですでにTimeMachineが使えないことが判明。TimeMachineを起動しても「現在」しかなく、「過去」がない。
ネットワーク越にTimeCapsuleの中身を覗くとそれらしいデータがあるようなのだけれど、どうも違うユーザーとして認識されてしまっているのか戻すことはできない。もちろん、アカウント名やマシン名は(吸い上げたので当然)同じにしてあるのだがそれ以上はどうすることもできない。
何度やっても(TimeCapsuleの再起動をしても)何をやっても同じ。
(14)改めてSnow Leopard(10.6)をインストールしなおす。
(15)問題なく10.6.1までアップデートが完了。
(16)Nortonが怪しいと思っていたので、「RemoveSymantecMacFiles 削除ユーティリティ」をDLして削除。
(17)再起動すると「禁止サイン」が表示され、Macが起動できなくなった。
(18)Safeモードで起動し、以下のキャッシュファイルを削除。
/システム/ライブラリ/Caches/com.apple.kernelcaches/ Startup/ kernelcache_i376.B710F5CC
(19)これ↑を削除すれば、普通に起動することができる。
(20)しかし、起動後TimeMachineにアクセスすると、このキャッシュができて再起動時に同じように「禁止サイン」が出てしまい起動できなくなってしまう。
(21)外付けHDDにSnow Leopardをクリーンインストール。
(22)移行アシスタントを使って今あるシステムを吸い上げる
(23)その外付けHDDから起動したら、同じように「禁止サイン」が表示されて起動できず。(そっくりそのまま「移行」してしまったのだから当然だったのですが)
(24)また再び外付けHDDを初期化してSnow Leopardをクリーンインストール。
(25)今度は、内蔵HDから起動して「iBackup」ですべてをバックアップ。
(26)外付けHDDから起動して「iBackup」を使ってリストアする。
(27)しかし、すべてを戻して再起動すると、同じように「禁止サイン」が表示されて、起動できない。
(28)再び外付けHDDを初期化してSnow Leopardをクリーンインストール。
(29)内蔵HDから起動し直してiBackupでバックアップの取り直し。(今度はシステム「System Preference」のチェックを外しておく)
(30)これで再びリストアする。(何とか外付けHDDでSnow Leopardが問題なく動くことを検証)
(31)大丈夫だと分かったので、iBackupのデータを外付けHDDに移して内蔵HDを初期化しSnow Leopardをクリーンインストール。
(32)iBackupを使ってリストア。
(33)アプリやユーティリティはすべてインストールし直しました。
私の場合はこれでSnow Leopardも普通に使えるようになった・・・と言いたかったのですが、残念ながら未だに時々落ちます。
それでも以前のようなほどではなく、通常使うには気にならない(気にしない)程度になりました。
大切な仕事をする場合には外付けHDDに入れたLeopardから起動して使っています。
こちらだと全然落ちることはありません。
全然参考になることはありませんが、私も「各種アプリがクラッシュしまくり」でしたので、報告いたしました。