自分も同様の現象に悩んでいます。
自分が解る範囲で試してみて、解った事を下記します
1. ターミナルを起動
2. 以下コマンドを入力
sudo -s[Enter] 管理者ユーザーになる
<password>[Enter] 管理者パスワードを入力
cd ~/Desktop デスクトップに移動
chmod 644 .DS_Store DS_Storeのパーミッションを644に変更
ls -l 現フォルダ(Desktop)のファイルをリスト表示
-rw-r--r--@ 1 XXXX staff 12292 12 18 XX:XX .DS_Store 結果表示
3. デスクトップアイコンが勝手に整頓されるまで待つ
4. 勝手に整頓された際、2のコマンドを再び入力し、DS_Storeのパーミッションを確認
sudo -s[Enter] 管理者ユーザーになる
<password>[Enter] 管理者パスワードを入力
cd ~/Desktop デスクトップに移動
chmod 644 .DS_Store DS_Storeのパーミッションを644に変更
ls -l 現フォルダ(Desktop)のファイルをリスト表示
-rw-------@ 1 XXXX staff 12292 12 18 XX:XX .DS_Store 結果表示
<<解った事>>
正常動作時の、DS_Storeのパーミッション 644
勝手に整頓された時のDS_Storeのパーミッション 600
<<憶測>>
どうやら
DS_Storeが更新された際、パーミッションが 600 にされてしまう
↓
アクセス権減が無いため、デスクトップの状態を読み取る事が出来ない
↓
勝手に右端に寄せられてしまう
というような動作になってしまうのではないかな と
やはり、かなり深い知識を要するため、アップル側に対応してもらう他無いのではないかなー と・・・