Shell Scriptなら簡単に行えます。間違って実行すると起動出来なくなったり、Appが反応しなくなる恐れがあるので敢えて書きません。Terminalを弄るにはアクセス権の操作を覚える必要があります。通常のアクセス権は難しくはありませんがEAやACLは可成り手強いと思います。
drwxr-xr-x これがFile Modeで最初がDirectoryのd, Fileは-です。次の3つはOwner, 次がGroup, 次がOtherです。各々Read, Write eXcute, 8進数で覚えられると簡単です。この例だと755, 右中指4, read, 人差指2, write, 親指1, excuteで左が7, 次が5, 最後が5になります。
その次にあるのがOwner, Groupです。LeopardからHomeのOwnerとGroupはusername, staffになります。これを数字で表すと501, 20になります。
# 501はSetup Assistantで作ったuserです。アカウントを作ると502, 503と増えていきます。
Terminalで下記のTextを書いてRetrunを押すとHomeの全FileやFolderを表示します。
ls -laeR@ ~/
drwxr-xr-x+ 17 pippi staff 578 Nov 9 06:04 .
0: group:everyone deny delete
drwxr-xr-x 5 root admin 170 Nov 6 09:14 ..
-rw------- 1 pippi staff 3 Nov 6 09:14 .CFUserTextEncoding
-rw-r--r--@ 1 pippi staff 6148 Nov 7 05:09 .DS_Store
com.apple.FinderInfo 32
drwx------ 2 pippi staff 68 Nov 9 06:04 .Trash
-rw------- 1 pippi staff 0 Nov 9 02:14 .Xauthority
-rw------- 1 pippi staff 6531 Nov 9 07:45 .bash_history
drwxr-xr-x 3 pippi staff 102 Nov 6 09:34 .fontconfig
drwx------+ 5 pippi staff 170 Nov 9 02:47 Desktop
0: group:everyone deny delete゛A
drwx------+ 12 pippi staff 408 Nov 7 05:06 Documents
0: group:everyone deny delete
drwx------+ 5 pippi staff 170 Nov 9 02:02 Downloads
0: group:everyone deny delete
drwx------+ 38 pippi staff 1292 Nov 6 09:39 Library
0: group:everyone deny delete
File modeの最後の+がACLで、@がEAを表します。その下にあるのが設定です。
以上 簡単な説明です。詳しくはTerminalでman chmodやchownあるいはコマンドの本をご覧になって下さい。