iPhone3Gsを復元後、バックアップデータと同期できない

iTunesを削除して、インストールしなおしてみます。これで解決すれば御の字です。iTunesに問題があったのでしょう。

解決しない場合は、バックアップデータに問題があると考えられます。残念ですが、データは諦めましょう。

そもそも、バックアップデータには、App固有のデータや個人設定も含まれているのでしょうか

はい。詳しくは、こちら。

http://support.apple.com/kb/HT1766?viewlocale=ja_JP

ところで、MacではTimeMachineを使っていないのでしょうか？

これを使っていれば、古いバックアップデータを回収できます。エラーが起きる前のバックアップデータで現在のバックアップデータを上書きしてから復元すれば、その当時の状態に戻せます。バックアップデータの場所は上記のリンク先に載っています。

Backupフォルダ内にあるデータフォルダごと、古いバックアップデータと置き換えてください。

はい。そのとおりです。ミュージック内のiTunesフォルダに音楽データとライブラリデータがあるので、これがそのままなら、データに影響はありません。

なお、ビーフさんのコメントに気づかず、先の自分のコメントに加筆しました。

iTunesの再インストールで解決しないときは、そちらを参考にしてください。

それでもダメなら、私は次を試しますが、効果がないばかりか悪化するかもしれません。覚悟の上でどうぞ。

iTunesを終了したあと、ライブラリのPreferencesフォルダ内にあるファイル名にiTunesとあるファイルをデスクトップに移し、iTunesを起動します。

これでiTunesの設定ファイルが新規になったので、設定ファイルに原因があるなら問題は解消するはずです。

ただし、予期せぬトラブルがあるかもしれないので、そのときはデスクトップに移したファイルを戻します。