ipadメールの添付pdfファイルを一旦開けると、クローズできません

.pdf と .xls という違いはありますが、こちら

https://discussionsjapan.apple.com/message/100545711#100545711

と同じ現象でないかと思います。僕は経験したことはないのですが、上の piyoko1030 さんのポストによれば、アカウントをオフにして、オンに戻すと解消した、とありますので、取り敢えずの対処療法として試す価値はあると思います。

greenanegg による書き込み:

全てﾘｾｯﾄし、ファイルを再度入れ直す必要があるのでしょうか？元に戻す方法はありませんか？

iTunes：iPhone、iPad、または iPod touch ソフトウェアのバックアップ、アップデート、および復元

一度「復元」を行って、再現するか確認してみてはいかがでしょうか。