私も同様のことがあり、情報を探していたらU.S.のdiscussion forumで同様の報告がありました。
http://discussions.apple.com/thread.jspa?messageID=11932551
非公式ですが解決法が載っています。私もやってみてうまくいきました。
わかりにくい英語だし詳細手順を書いていないので、私がやった方法を以下に書きます。
申し訳ありませんが、英語がわからないだとか、目的のバックアップフォルダがどこにあるか、
どれなのかわからないだとか、Windowsの操作方法がわからないだとかいうことの
ヘルプはできませんので悪しからず。
なお、これをやると当然「今入っているもの」は全部消えますので覚悟してください。
1.iPhone Backup Extractor というツールを手に入れる。
http://www.reincubate.com/labs/iphone-backup-extractor-how-extract-files-iphone-backup-windows/
2.Mac や Linux でも動くと書いてあるが別のソフトを入れろとかめんどうくさいので Windows にしたほうがよい。
Windows PC にそれを入れて適当なフォルダにunzip する。この PC に iPod Touch を接続する必要はない。
ここからしばらくPCでの操作。
3.復元したいバックアップを同PCに入れる。
4.iPhoneBackupExtractor.exe をダブルクリックして起動する。
タイトルバーに [UNREGISTERED] と出るが気にしなくてよい。
5.「Select backup」からバックアップフォルダを選択する。
6.右下の「Expert mode」ボタンをクリックする。
7.「Backup details」から Library → SMS とたどり sms.db のチェックボックスをクリックする。
8.「Extract」ボタンをクリックする。
9.出力先フォルダを聞いてくるので適当なフォルダを指定して「OK」をクリックする。
ここでは仮に「マイ ドキュメント」とする。
10.登録してないからどうのこうのとかメッセージが出るが気にせず「OK」。
11.ファイルが1つ復元されたというメッセージが出る。
ここで iPhone Backup Extractor の仕事は終わったので終了させる。
12.「マイ ドキュメント」フォルダを見る。ここに Library フォルダができている。
その中に SMS フォルダがあるのでさらにその中を見ると sms.db というファイルがある。
以下、Mac ベースの人はこのファイルを Mac に持っていき、Mac で作業する。
13.バックアップファイルフォルダを必ず別の場所にコピーして保存しておく。
14.バックアップファイルフォルダの中に長い名前のファイルが大量にある。ここから
上記 sms.db と同サイズ同内容のファイルを探す。
方法はいろいろあるので書かないでおく。コマンドラインを使える人なら簡単なはず。
該当ファイルが2つ以上あったらどうするべきかはわからない…
15.該当するファイルを削除する。
16.iTunes で復元する。復元するフォルダの選択を間違わないよう気をつける。
すると、一部のファイルを復元できなかったというメッセージは出るが、問題ない。
後は曲や動画などを戻すだけである。