先のコメントで「特定のDock接続機器で操作できるアプリ」を開発すると書きました。Dockコネクタを利用するアプリは、本来は次のように作ることになります。
1)Dockコネクタ付の機器を開発する。(既存のイヤホンマイクやiPodリモコンは不可)
2)開発した機器をコントロールする専用アプリを開発する。
既存の機器(医療機器や業務用機器など)をコントロールすることは不可能かというと、そんなことはありません。
1)既存の機器をコントロールする別のDockコネクタ付機器を開発する。
2)開発した機器をコントロールする専用アプリを開発する。
通話ボタンのついたイヤホンマイクか、再生停止ボタンがついた音楽プレイヤー用のリモコン
最初のコメントに書きましたように、これらの既存のDock接続機器は音楽プレーヤにOSレベルで紐付けられているので、別の種類のアプリでは使用できません。
つまり、アプリの操作中にこれらのボタンを操作すると、バックグラウンドの音楽プレーヤ(モバイルミュージックプレーヤ=iPodアプリ)が反応してしまいます。
または、ユーザーがインストールした別の音楽プレーヤが反応します。
たとえばリモコンの再生ボタンを押した時のイベントで、「音楽を再生する」という処理をするのではなく、「何かを開始したい」など自分のやりたい処理をさせれば良いということなのでしょうか?
上に書かれたように、アプリを開発する際にOSに対して音楽プレーヤの一種として振る舞うように作成すれば、これらの既存の機器で操作可能なはずです。
ただし、それはアプリの種類を詐称することになるので、Appleによる審査ではねられるかもしれません。こちらについては、私には何とも言えません。