すみませんが、微妙に勘違いしていました。症状をもう一度読み直してみると、フォルダ構造とかそういう問題というより、特定のビデオを iPad の写真アプリが認識しない、という問題のようですね。
実際にこちらでも試してみたのですが、手元にある Pentax の K-5、K-7、Optio W90 などで撮影したデータが入った SDHC からは問題なく写真・ビデオの取り込みができました。
一方、検索方向を変えてネットで調べてみて、この掲示板(英語)
http://forums.macrumors.com/showthread.php?t=1053112
で、b.c. という人が色々調べて結果を報告しているのを見つけました。
肝心の部分だけ抽出すると、曰く、
- USBメモリでも、SD カードでも、DCIM フォルダ内にある .AVI や .MOV ファイルは、最近のデジカメや iPhone で撮影したものであれば取りこめた
- 古いデジカメで撮影した古い .AVI ファイルは認識されず、従って取り込みも出来なかった
- デジカメで撮影したもの以外の .AVI ファイルは、スペック的には再生可能なものでも試した限りでは写真アプリでは認識されないようだ。
- iOS 3.x では少なくともサポートされていないファイルを取り込むことまではできた。が、iOS4.2 では認識もされないように仕様変更されたようだ。
- IPhone 3GS、キャノン S95/SD960IS/SD1000 で撮影したものは大丈夫だった。
- 4.2 のバグというより、仕様修正あるいは、3.x のバグ修正(のつもり)ではないか?
というような内容でした。読み込みの出来ない動画を撮影したカメラのメーカーやタイプ、また動画のフォーマットなどがわかれば多少の意見交換はできるかもしれません。